В январе 1939 года Сталин сделал ее наркомом рыбной промышленности, распорядился избрать кандидатом в члены ЦК и депутатом Верховного Совета СССР. Наградил орденами Ленина, Трудового Красного знамени, Красной звезды, Знак Почета.
Но отношение Сталина к Молотову уже изменилось. Вячеслав Михайлович, который возглавлял правительство, получил неожиданное назначение в наркомат иностранных дел. Не все тогда поняли, что он отодвинут в сторону и утратил роль второго человека.
А у его жены возникли куда более серьезные неприятности. На нее завели дело в наркомате внутренних дел по обвинению в связях с «врагами народа и шпионами». Хотя по этому обвинению следовало судить, прежде всего, самого Сталина – это же он назначал на высокие должности тех, кого потом сам объявлял врагами.
Начались аресты по ее делу. В июне 1939 года взяли врача Илью Львовича Белахова, директора Института косметики и гигиены, входившего в систему главного управления парфюмерной промышленности (то есть он подчинялся Жемчужиной). Ордер на арест подписал первый заместитель наркома комиссар госбезопасности 3-го ранга Всеволод Николаевич Меркулов.
Показания на Полину Жемчужину нужны были срочно, поэтому допрашивали Илью Белахова с особой жестокостью. Руководил этим Всеволод Меркулов.
Пройдет время и Меркулов скажет о себе: «Я был наивным, очень скромным и очень застенчивым человеком. Несколько замкнутым и молчаливым. Речей я не произносил и так и не научился произносить их до сих пор. Язык у меня был словно чем-то скован».
Если Меркулов и был когда-то скромным и застенчивым, то на чекистской службе он успешно избавился от своих недостатков.
«С первого же дня ареста меня нещадно избивали по 3–4 раза в день, – писал Белахов в заявлении прокурору, которое начальник тюрьмы переслал в секретариат Меркулова. – Избивали резиновыми палками, стальными пружинами и линейками, били по половым частям. Я терял сознание. Прижигали меня горячими папиросами, обливали водой, приводили в чувство и снова били. Потом перевязывали в амбулатории, бросали в карцер и на следующий день снова избивали. Я мочился кровью, перешибли позвоночник, я стал терять зрение.
От меня требовали, чтобы я сознался в том, что я сожительствовал с гражданкой Жемчужиной и что я шпион. Я не мог оклеветать женщину, ибо это ложь. Шпионской деятельностью я никогда не занимался. Мне говорили, чтобы я только написал маленькое заявление на имя наркома, что я себя в этом признаю виновным, а факты мне они сами подскажут».
Арестованного привели к наркому внутренних дел Лаврентию