Только в начале войны добровольцами на фронт ушли более 500 речников. Всего со всех предприятий пароходства на войну было призвано 2260 человек, 388 из них погибли, многие фронтовики получили ранения. Пятеро речников удостоены высшей награды – звания Героя Советского Союза. Это Александр Корольский, отец трёх сыновей, двое из которых – Дмитрий и Иван – дошли до Берлина и были награждены; Леонид Николаевич Ефимов, капитан теплохода «Стрела», имя которого носит путейский теплоход; Николай Николаевич Макаренко, моторист; Юрий Николаевич Петелин, выпускник речного техникума, работавший на судостроительном заводе, его именем назван теплоход смешанного плавания река – море; Виктор Аркадьевич Москвин, бакенщик, его именем назвали путейский теплоход.
В первые послевоенные годы на территории всех предприятий пароходства и путейцев были воздвигнуты мемориальные доски и памятники фронтовикам, которые погибли на фронтах Великой Отечественной войны.
Командный состав Енисейского пароходства, 1947 год.1-й ряд (слева направо): И. А. Аверин, К. И. Бекшиев, А. Т. Рогаманов, А. И. Морозов, М. Н. Ильина-Селезнёва, М. М. Мутовин, К. Ф. Баранцев, П. И. Заяц, А. Г. Широких; 2-й ряд: А. Н. Токарев,Н. И. Тычков, А. И. Николаев, И. М. Назаров, Д. И. Грабежов, А. И. Кольцов, М. А. Чечкин; 3-й ряд:Г. И. Сидоров, А Е. Фадеев, В. Н. Сецко, В. Г. Сербаев, С. И. Фомин, И. Г. Лобастов, П. А. Ячменёв,А. А. Тюменцев, В. А. Нехорошко, В. Я. Обедин, А. Я. Воронов
Героическую страницу речники Енисея вписали при перегоне судов Северным морским путём на Енисей в конце сороковых и пятидесятые годы. Наиболее значимые из них были «Родина» и «Победа» (1945) из США. Перегоняли из Финляндии буксиры и лихтеры, ледокольные пароходы «Борец» и «Силач» (1947), грузовые теплоходы из Германии, полученные по репатриации (1948), буксирные теплоходы из Сормово (1949), грузопассажирские теплоходы из Германии: «В. Чкалов», «А. Матросов», «Байкал» (переименованный в «Академик Киренский»), «Балхаш», «Профессор Близняк» и др. (1954), флот из Тюмени – колёсные пароходы, нефтеналивные баржи.
Программа большого объёма судостроения самоходного и несамоходного флота была на Красноярском судостроительном заводе, Красноярской судоверфи. Позднее судостроение было развёрнуто на Красноярском судоремонтном заводе.
Третий период освоения Верхнего Енисея начался с 1952 года, когда капитан-наставник Н. Г. Копцев применил новую систему подъёма судов через Большой порог с помощью тракторов. В тот год в Туву ушли теплоходы «Туркменистан», «Хакасия», «Азербайджан», «Герой Гастелло». За навигацию было сделано двадцать два рейса и перевезено 2000 тонн груза. В 1963 году для работы в Туве на Красноярской судоверфи были специально построены суда «Советская Тува» и «Чадан». Они впервые проходили Большой порог своим ходом. В конце того же года в Кызыле побывали теплоходы «Кызыл», «Якутия», «Киргизия». Рейсами в Туву за зерном руководил капитан-наставник С. М. Чемагин с лоцманами Г. П. Пахомовым