В Оренбурге красные организовали военно-революционный комитет, а противники Дутова, которого они называли «неумелым и недальновидным капитаном»623, из казаков (А. Бочкарев, Т.И. Седельников, М.П. Копытин, А.И. Завалишин, А.С. Беленинов, И.Ф. Ильиных, Н.Ф. Турчанинов, Панов и другие – в основном сотрудники «Оренбургского казачьего вестника») образовали уже 19 января Временный совет Оренбургского казачьего войска. Седельников первоначально выступал с антибольшевистскими лозунгами, призывал защищать идею войскового самоуправления. С горечью писал он на страницах «Оренбургского казачьего вестника», не сразу прикрытого большевиками, о поражении по причине несознательности казаков и несамостоятельности их в общественно-политических вопросах при старом режиме624.
Тем временем в городе начались обыски, грабежи, изъятия церковных и иных ценностей, аресты и расстрелы. Три дня красные грабили станицу Оренбургскую. В монастырской церкви Оренбурга 7 красногвардейцев сбрасывали иконы, но были схвачены и арестованы возмущенными местными жителями625. Новой властью был арестован оренбургский городской голова В.Ф. Барановский, начальник Оренбургской школы прапорщиков Игнатьев, задержан епископ Мефодий (М.Л. Герасимов), которого красные подозревали в сочувствии Дутову. Епископа отвели на вокзал и допрашивали в вагоне, обвиняя в отпевании дутовцев. Мефодий заявил, что отпевал жертв Гражданской войны вообще и выступает против братоубийства. Доводы подействовали, и он оказался на свободе626.
Первое время важную роль в Оренбурге играл мусульманский военный комитет, однако в ближайшие дни красные взяли управление городом под свой контроль в полном объеме, разоружив 26 января мусульманскую дружину627. Много арестов было произведено по доносам, тюрьма оказалась переполненной. Имели место и бессудные расправы. Уже 24 января 1918 г. матросы расстреляли юнкера А. Бабичева, который укрывался в монастыре у станции Платовка и, по их мнению, выпустил сигнальную ракету628. В тот же день на разъезде № 18 был расстрелян возвращавшийся с фронта к семье бывший командир 2-го Оренбургского казачьего полка генерал-майор П.В. Хлебников, ранее задержанный на станции Платовка и доставленный для краткого допроса в Оренбург629. В своей квартире был убит 67-летний генерал-лейтенант Шейх-Иль-Ислам Абдул Вагапович Кочуров и с ним бывший командир 12-го Оренбургского казачьего полка полковник М.Ф. Доможиров. С бывшего атамана 2-го военного отдела Оренбургского казачьего войска генерал-лейтенанта Н.А. Наследова на улице сорвали погоны и избили. Лишь чудом 63-летнему генералу удалось добраться домой живым. На глазах собственных малолетних детей был убит есаул Г.М. Нагаев630. Расстреляны есаулы С.С. Полозов и А. Кручинин.
Новая волна насилия против офицеров и казаков последовала после набега белых на Оренбург