В результате принятых мер к началу 1870-х гг. общая численность оренбургского войскового казачьего сословия составила 252 928 душ обоего пола, и войско стало крупнейшим по численности казачьего населения. В него почти полностью вошли Верхнеуральский и Троицкий уезды, а также часть Оренбургского, Орского и Челябинского уездов Оренбургской губернии. К началу ХХ в. управление войском регулировалось Положением об управлении военными отделами Оренбургского казачьего войска, Высочайше утвержденным 24 января 1884 г., и Положением об общественном управлении станиц казачьих войск 1891 г.
Как уже говорилось, делами по военному и гражданскому устройству всех казачьих войск ведало Главное управление казачьих войск. Казачьи офицеры из-за постоянной бюрократической волокиты в шутку называли этот орган «Главное затруднение казачьих войск»84. В 1910 г. функции управления были переданы Казачьему отделу Главного штаба. В военном отношении войско подчинялось командующему войсками Казанского военного округа. Непосредственно во главе войскового управления стоял Наказный атаман, должность которого совмещалась с должностью оренбургского губернатора. Атаман управлял войском по гражданской (административно-хозяйственной) части на правах губернатора через Войсковое хозяйственное правление, по военной части – на правах начальника дивизии через Войсковой штаб. В полицейском отношении население находилось в ведении общей губернской полиции. Войсковое хозяйственное правление включало общее присутствие и пять отделений: хозяйственное, поземельно-строительное, особое, межевое и лесное. В ведении Войскового хозяйственного правления находились все отрасли войскового хозяйства, а также непосредственное управление общими войсковыми капиталами. Особое отделение отвечало за общественное управление станиц. Не менее важным административным органом был Войсковой штаб, во главе которого стоял начальник в чине полковника или генерал-майора.
Следующим звеном войсковой административной системы являлись управления военных отделов и сами отделы: 1-й с центром в Оренбурге, 2-й