В Москве известие об инциденте в Челябинске (где чехи уже успели занять железнодорожную станцию и ее окрестности) вызвало сильнейшую реакцию. 20 мая были арестованы два ведущих члена русской секции Чехословацкого национального совета Макса и Чермак. Их заставили подписать телеграмму с приказом всем чешским военным частям сдать оружие советским властям. На следующий день Аралов, заместитель Троцкого в наркомате по военным и морским делам, опрометчиво издал приказ, по которому чехи либо реорганизовывались в трудовые батальоны, либо призывались в ряды Красной армии. 23 мая за его же подписью последовали еще более суровые и точные инструкции: чехов задержать, разоружить и расформировать. А в конце концов, 25 мая, в дело вмешался Троцкий, послав всем местным властям вдоль железнодорожной магистрали телеграмму, категорически запрещавшую дальнейшее продвижение на Восток всех чешских эшелонов и предписывавшую – среди прочих крутых мер – любого чеха или словака, обнаруженного с оружием в руках, расстреливать на месте. Отсрочка в исполнении этих приказов объявлялась предательством и влекла за собой жесточайшие наказания.
В России контроль над железнодорожной станцией означал контроль над всей информацией, проходящей по телеграфной линии, или как минимум доступ к ней. Поскольку телеграммы из Москвы не шифровались, чехи, находившиеся в Челябинске, оказались в курсе предписаний правительства. Как раз тогда проходил съезд делегатов из ряда других чешских частей, и уже было принято два важных решения: во-первых, объявить циркулярной телеграммой, что легион отныне не будет сдавать никакого оружия до тех пора, пока «мы не получим гарантии свободного выезда»; во-вторых, игнорировать приказ об изменении маршрута поездов, находящихся западнее Омска, и отправке их в Архангельск. (Данный приказ советского правительства фактически в точности отражал стратегию Антанты на тот момент и стал для ее неофициальных московских представителей маленьким триумфом, однако, когда чехам запоздало это объяснили, они так и не увидели ни смысла, ни большой опасности в изменении плана, по которому их войска разделялись на две совершенно оторванные друг от друга части.)
Итак, когда делегаты съезда перехватили угрожающую телеграмму Аралова, они уже были настроены непримиримо, и телеграмма Троцкого от 25 мая, практически объявившая им войну, убедила их в том, что единственный способ выбраться из России – пробиваться с боями. Соответствующие приказы были разосланы по Транссибирской магистрали в обоих направлениях, и на рассвете 27 мая красный гарнизон Челябинска был без труда блокирован и разоружен.
Повсюду стремительные и решительные действия чехов приносили им аналогичный успех, хотя иногда приходилось вести тяжелые бои. 26 мая был взят Новониколаевск, 29-го – Пенза, 31-го – Петропавловск и Томск, а через неделю пал Омск. В Мариановке и одном-двух других городках