Трудно понять мотивацию поведения Чернышевского в 1861—1862 годах. Он сознательно стремился к мученической смерти, надеясь на ожидаемую в ближайшем будущем революцию, или просто был уверен, что его предупреждение сохранять терпение и доброе имя защитят от ареста? Вероятно, и то и другое. Члены правого крыла заходились в крике, что Чернышевский является духовным вдохновителем, если не реальным создателем революционных воззваний. Известна история, как генерал-губернатор Санкт-Петербурга князь Суворов, слывший либералом, а в некоторых кругах даже предполагалось, что он станет главой революционного режима, направил к Чернышевскому агента с паспортом и советом отправиться за границу. Но в 1860-х годах политическая эмиграция не имела ничего общего с тем, во что она превратилась при Ленине, когда мощное международное движение поддерживало русских товарищей, помогало скрываться и при необходимости легко попадать в Россию. Теперь даже космополит Герцен с его богатством влачил жалкое существование за границей, и его огромному влиянию в России пришел конец, поскольку у него не сложились отношения с новым поколением. Таких истинно русских революционеров, как Чернышевский, было немного. Он остался в России.
Весной 1862 года в столице произошло несколько серьезных пожаров. Реакционная пресса обвиняла в них «нигилистов» (тон прокламации «Молодой России» не исключал, что ее авторы могут прибегнуть к поджогам). Радикалы возражали, заявив, что это работа провокаторов правых, и утверждали, что в некоторых провинциальных городах помещики сами поджигали дома, чтобы не допустить освобождения крестьян. Так это было или нет (деревянные дома не обеспечивались необходимой защитой от пожаров), но началась активная кампания против революционеров; известные или предполагаемые зачинщики были взяты под усиленный надзор. Власти закрыли публичные читальные залы, несколько школ и петербургский шахматный клуб, все те места, которые предположительно были отравлены духом нигилизма и являлись местом встреч радикальной интеллигенции. «Современник» на восемь месяцев был запрещен. Чернышевский, давно находившийся под надзором Третьего отделения, был, естественно, арестован. Пока шло «расследование», он провел два года в Петропавловской крепости. С юридической точки зрения ему не могли быть предъявлены никакие обвинения в подрывной деятельности. Наконец, с помощью сфабрикованных доказательств, в 1864 году был оглашен приговор: Чернышевский приговаривался