Унгерн-старший страдал каким-то нервным расстройством. То ли это и послужило причиной развода, то ли отношения с женой довели его до психиатрической лечебницы, сказать трудно. Так или иначе, но в 1891 году супруги Унгерн-Штернберги со скандалом разошлись, пятилетний Роман и двухлетний Константин остались с матерью. Через три года она вышла замуж за барона Оскара Хойнинген-Хюне. Второй ее брак оказался более удачным; Софи-Шарлотта прожила с мужем до самой своей смерти в 1907 году и родила еще одного сына и двух дочерей.
Впоследствии сложилось мнение, будто она мало уделяла внимания первенцу, который с детства был предоставлен самому себе. Если даже и так, это не отразилось на его отношениях с единоутробным братом и сестрами. Они оставались вполне родственными даже после того, как мать умерла, но с отчимом Унгерн не поладил. Мальчик не слишком уютно чувствовал себя в семье, что не могло не сказаться на его характере. С родным отцом он, похоже, никаких связей не поддерживал на протяжении всей жизни. Не осталось ни малейших следов его участия в судьбе сына.
Во время Гражданской войны рассказывали, что отец Унгерна был зверски убит крестьянами в 1906 году, при “беспорядках” в Эстляндской губернии, и это якобы навсегда “положило в сыне глубокую ненависть к социализму”. Такого рода историями нередко оправдывают тех, чья жестокость не поддается рациональному объяснению. О состоявшем в Монголии при Унгерне легендарном душегубе Сипайло тоже говорили, будто в ургинских застенках он мстит за свою вырезанную большевиками семью. По крайней мере, словарь прибалтийских дворянских родов, изданный в Риге перед Второй мировой войной, датой смерти Теодора-Леонгарда-Рудольфа (Федора) Унгерн-Штернберга называет 1918 год, а ее местом – Петроград. Обстоятельства, при которых он погиб или умер, неизвестны.
До четырнадцати лет Унгерн обучался дома, в 1900 году поступил в ревельскую Николаевскую гимназию, но через два года был исключен. “Несмотря на одаренность, – пишет его кузен Арвид Унгерн-Штернберг, – Роман вынужден был покинуть гимназию из-за плохого прилежания и многочисленных школьных проступков”. Отчим решил, что при таком характере ему больше подойдет военное учебное заведение, и отдал пасынка в петербургский Морской корпус. Родной отец в этих хлопотах никак не участвовал. Он тогда жил в Петербурге, но даже билет на право брать мальчика в отпуск был выписан на другое лицо.
Семью годами позже Унгерн аттестовался начальством как “очень хороший кадет”, который “любит физические упражнения и очень хорошо работает на марсе”, при этом ленив и “не особенно опрятен”. Сохранился внушительный список его “проступков”, регулярно караемых сидением в карцере. Всё это преступления достаточно невинные: “вернулся из отпуска с длинными волосами”, “курил в палубе”,