После окончания морского кадетского корпуса и присвоения звания морского фенриха теоретическое и практическое обучение Вильгельм продолжил в стенах морского училища, расположенного также в Киле. Снова тренировки с различными видами вооружений, затем, с осени 1907 г., служба на крейсере «Бремен», который курсировал в водах Западной Атлантики вдоль берегов Центральной и Южной Америки. Через год Канарису присвоили звание лейтенанта и назначили адъютантом командира корабля. В то время, как и ныне, революции и военные перевороты были в странах Латинской Америки обычным явлением, повседневной пищей политического бытия. Корабли крупных морских держав должны были заботиться о том, чтобы в частых вооруженных конфликтах не пострадали их экономические интересы, и о защите жизни и имущества своих граждан. С позиций адъютанта командира Канарис имел широкие возможности изучать политическую подоплеку всех этих событий, и, воспользовавшись предоставившимся шансом, он основательно познакомился с историей, культурой и особенностями общественной жизни испано-американского мира. Здесь Канарис сделал первые шаги в познании испанского языка, которым потом владел в совершенстве. Тогда же он приобрел первые навыки искусства обращения с людьми и ведения дипломатических и квазидипломатических переговоров. Благодаря свойственному ему такту и тонкому чутью Канарис добился хотя и небольших, но все же заметных успехов на политическом поприще, и неудивительно, что однажды молодой лейтенант не без известной гордости прикрепил себе на грудь орден Боливара, которым его наградило одно южноамериканское правительство.
Позднее некоторые сослуживцы Канариса утверждали, что из него якобы так и не получился настоящий