Учитывая данное переплетение типов, а также исходя из принципа геологической стратиграфии, С. Сугихара предлагает следующую периодизацию (при этом вместо термина «культура» он использует более широкое японское понятие буша):
Вопрос о том, действительно ли появление острий предшествовало появлению керамики, до сих пор остается открытым. Находки в поселении Монотоки, префектура Ниигата, вызвали дискуссию по этой проблеме, что, в свою очередь, подтолкнуло ученых к более интенсивным действиям по датировке острий. Геологические пласты не так легко разделить между собой, поэтому проблема заключается в том, чтобы определить, какому пласту принадлежит находящаяся неподалеку от острий керамика – выше того, где обнаружены острия, или в том же слое. Конечно, после раскопок большого числа поселений, где керамика будет однозначно вертикально представлена в комплексе с каменной индустрией, проблема решится сама собой ко всеобщему удовлетворению. Однако, учитывая то, что культурный слой поселений неглубок, а подвижки земной коры – достаточно частое явление, вряд ли можно будет с полной уверенностью увязать одни артефакты с другими. В качестве аргумента, подтверждающего любую из противоположных точек зрения, можно привести в пример бесчисленное количество случаев с керамикой в поселениях эпохи Дзёмон: за тысячи лет разнообразные типы керамики Дзёмон полностью перемешались между собой. Возможно, наиболее примечательным примером можно считать раскопки, проведенные университетом Нагой в пещере Кюго, префектура Гифу. В результате изысканий было выделено десять видов керамики – от самого раннего до самого позднего, причем по времени их разделяло, как минимум, четыре тысячелетия, а найдены они были в пласте толщиной чуть более 60 сантиметров. При этом существенных стратиграфических различий в самом пласте не наблюдалось. Дело в том, что в пещере люди жили как в эпоху Дзёмон, так и в эпоху Яёй. Поэтому ретушированные пластины могут свидетельствовать как о том, что пещера была убежищем для человека «докерамического» периода, так и о том, что культура «керамики» и культура «докерамического» типа какое-то время сосуществовали.
В то время как единого мнения по поводу терминологии пока нет, большинство ученых при характеристике микролитических индустрии и керамики ранних периодов отдает предпочтение использованию термина «мезолитический». Бесспорно, в данном случае налицо определенные временные накладки, ведь керамика и микролиты периода раннего Дзёмон находят рядом в одних и тех же поселениях, например в Тадо, в городе Йокосука. Однако эпоха Дзёмон сама по себе не является границей между мезолитом и неолитом, хотя следует отметить, что принято считать термины «Дзёмон» и «неолит» синонимами. И действительно, со временем эти два понятия становятся все более близкими.
Раскопки