В неолите кошка еще не была одомашнена. В кьёккенмёдинге Нодзима в Канагаве, относящемся к раннему периоду Дзёмон, был найден череп, а в кьёккенмёдинге Итиодзи в Аомори – нижняя челюсть дикой кошки, подобной той, что обитает в Корее и на острове Цусима. Возможно, судя по сходству черепа, эта кошка была предком одомашненной кошки Хонсю. Тем не менее, справедливым вполне может оказаться и широко распространенное мнение, что домашняя кошка была привезена в Японию из других мест.
Свиньи были завезены в более поздние времена из Китая; в Дзёмон на основных островах Японии их еще не было, однако на островах архипелага Рюкю их останки встречаются.
Принято считать, что лошадь появилась в Японии в эпоху Яёй, однако довольно большое количество костей этого животного в кьёккенмёдингах эпохи Дзёмон явно опровергает это утверждение. Не исключено, что люди эпохи Яёй использовали лошадь в качестве ездового животного и привели коней с собой, но их потребность в лошадях была достаточно ограниченной, а их зависимость от лошади не может быть подтверждена такими аргументами, как рисунки на бронзовых колокольчиках и керамических изделиях. Популярность лошади ясно проявляется в период могильных курганов: в захоронениях обнаружено множество глиняных фигурок лошадей, настенных рисунков и изображений на металлических предметах. Кости небольшой лошади были найдены в кьёккенмёдинге Атака в Кумамото на острове Кюсю. В непосредственной близости от них находилась керамика, датируемая не позднее, чем средним периодом Дзёмон. К немного более раннему периоду относятся кости из Идзуми в Кагосиме. Костные остатки лошадей, обнаруженные в кьёккенмёдингах более поздних периодов (Ангё и Камегаока) в Хоми (префектура Айти), Коздахара (префектура Нагано), Обора (префектура Мияги) и Адзусава (префектура Токио), вполне могут иметь самое непосредственное отношение к более мобильным людям эпохи Яёй, пришедшим на южные японские острова. Кости из Оборы по своим характеристикам ничем не отличаются от костей современных лошадей. В основной массе лошади эпохи Дзёмон были низкорослыми, похожими на пони. Умирали они от старости, ни одной раздробленной кости найдено не было. Останки низкорослых лошадей эпохи Яёй были обнаружены в Тайюи (префектура Нагасаки) и Уриго (префектура Айти), однако в целом лошади Яёй – это животные покрупнее, ростом до полутора метров, и похожие больше на корейских лошадей каменного века. Они считаются лошадьми среднего размера, причем явно существует такая закономерность: чем дальше от Корейского полуострова, тем лошади Яёй становились крупнее. Низкорослые лошади жили на протяжении всей эпохи до буддизма; лошадь из Хираиде периода Хэйдзи тоже была невысокой, не сильно отличающейся от своего предка эпохи Дзёмон.
Без сомнения, контакты