В феврале 1941 г. переведен в 12-ю кавалерийскую дивизию начальником штаба 107-го казачьего полка. С началом Великой Отечественной войны майор И. М. Подберезин назначен командиром 56-го отдельного разведывательного батальона 56-й танковой дивизии 26-го механизированного корпуса. Участвовал в Смоленском сражении: в боях под Ярцево и Смоленском. С 25 июля по 8 сентября 1941 г. командовал 122-м кавалерийским полком 4-й кавалерийской дивизии Западного фронта, воевал под Трубчевском. Затем назначен преподавателем тактики Чкаловского кавалерийского училища. В ноябре переведен на должность начальника штаба 55-й отдельной курсантской бригады и убыл под Москву. В составе 1-й ударной армии Западного фронта бригада участвовала в контрнаступлении под Москвой, в Клинско-Солнечногорской наступательной операции. В мае 1942 г. бригада переформирована в 260-ю стрелковую дивизию, а И. М. Подберезин назначен начальником штаба. Формировал дивизию, после вывода ее в резерв Ставки ВГК оставлен в 8-м гвардейском стрелковом корпусе 20-й армии в должности зам. командира 148-й отдельной курсантской стрелковой бригады. С августа 1941 г. вступил в командование 150-й отдельной стрелковой бригадой. В составе 20-й армии бригада успешно действовала в Погорело-Городищенской наступательной операции. В ноябре участвовала в наступлении на Сычевку, отличилась при взятии опорного пункта немцев – Хлепень. До марта 1943 г. бригада находилась в обороне, после в составе 31-й армии участвовала в операции по освобождению Сычевки. В мае 1943 г. И. М. Подберезин назначен командиром 854-го стрелкового полка 277-й стрелковой дивизии 49-й армии. До 20 августа полк находился в обороне восточнее г. Спас-Деменск, затем наступал до р. Проня. В начале октября И. М. Подберезин вступил в командование 36-й отдельной стрелковой бригадой, форсировал реки Сож и Десна. В ноябре назначен зам. командира 344-й стрелковой дивизии, по личной просьбе переведен на командную должность – командиром 916-го стрелкового полка 247-й стрелковой дивизии. С декабря 1943 г. командовал 1297-м стрелковым полком 160-й стрелковой дивизии. С этими полками участвовал в боях под Чаусами и на оршанском направлении. В начале января 1944 г. переведен на должность командира 692-го стрелкового полка 212-й стрелковой дивизии. С дивизией полк убыл в 61-ю армию в район Сарны, Домбровицы, в марте участвовал в наступлении на Пинск. С апреля находился в обороне южнее Пинска по р. Стырь. С июля 1944 г. в ходе Белорусской операции в составе дивизии принимал участие в освобождении г. Пинск и наступлении в направлении Кобрин, Брест. За взятие г. Кобрин полк награжден орденом Красного Знамени, ему присвоено наименование «Кобринский». В сентябре передислоцирован на 3-й Прибалтийский фронт и участвовал в Рижской наступательной операции. Полк первым прорвал оборону немцев под г. Сигулда и ворвался в Ригу. С 17 октября 61-я армия вошла в 1-й Прибалтийский фронт, в этот период полк участвовал в отражении контрудара немцев в Литве. С 11 ноября 1944 г. полковник И. М. Подберезин вступил в командование 23-й стрелковой Киевско-Житомирской дивизией. В конце декабря дивизия переброшена
