22 июня 1941 года для координации мероприятий в Ленинграде и области по обеспечению государственной безопасности и охране общественного порядка создается оперативный штаб. В него вошли заместитель начальника УНКГБ Огольцов, заместитель начальника УНКВД Грушко, начальник Управления пожарной охраны Сериков и начальник Управления пограничных войск Степанов. На следующий день штаб приступил к работе.
Развитие событий на фронте обуславливало характер и направленность деятельности чекистских органов. Исходя из военно-политической и оперативной обстановки и в целях слияния усилий органов государственной безопасности и внутренних дел, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 года НКВД и НКГБ были объединены в единый наркомат внутренних дел CCCP. Для организации контрразведывательной работы на оборонных и промышленных объектах, железнодорожном и водном транспорте в НКВД СССР в июле 1941 года были вновь образованы упраздненные в феврале 1941 года экономическое и транспортное управления и их органы на местах. Создание единого централизованного органа государственной безопасности и внутренних дел позволило органам НКВД в тяжелый начальный период войны объединить свои усилия, установить более тесный контакт между территориальными органами и особыми отделами НКВД, выработать единую систему организации контрразведывательных мероприятий.
Расскажем коротко о руководителях Ленинградского управления госбезопасности в годы войны. До 24 августа 1941 года начальником Управления был Виктор Тихонович Куприн (1908–1942). Он находился на этой должности с 26 февраля 1941 года, имея за плечами трехлетний опыт руководства Читинским областным Управлением НКВД и Управлением НКВД по Хабаровскому краю. Спустя два месяца после начала войны 33-летний Куприн был назначен начальником Особого отдела только что образованного Ленинградского фронта. С 1942 года он работал в Москве, сначала руководителем Особого отдела, а затем – 3-го Управления НКВД СССР. 10 ноября 1942 года Виктор Тихонович возвращался из служебной командировки в город Тихвин. Над Ладогой самолет был подбит и рухнул в воду в 300 метрах от берега, из находившихся в самолете удалось спастись только бортмеханику.
С 24 августа 1941 года и до окончания войны начальником Управления НКВД по городу Ленинграду и Ленинградской области был генерал-лейтенант Петр Николаевич Кубаткин (1907–1950). До приезда в Ленинград он работал в центральном аппарате наркомата госбезопасности, а до этого был начальником Московского управления НКВД. П. Н. Кубаткин стал шестнадцатым руководителем чекистского аппарата в нашем городе. С 15 июня 1946 года он был переведен на работу в Москву на должность начальника ПГУ МГБ СССР. 27 октября 1950 года Кубаткин был осужден по «Ленинградскому делу» и приговорен к высшей мере наказания. Реабилитирован посмертно в 1956 году.
К августу 1941 года враг прорвался в пределы Ленинградской области, и первыми, кому пришлось отражать атаки противника, стали чекисты-пограничники. 10 суток пограничники 102-го погранотряда