Вскоре после капитуляции Франции в 1940 году по указанию Риббентропа Шелленберг вылетел в Лиссабон. Герцог Виндзорский, экс-король Англии, отрекшийся от престола из-за женитьбы на дважды разведенной американке, нашел там приют. Шелленберг должен был уговорить герцога Виндзорского выехать в Швейцарию или другую нейтральную страну. Правда, и сам герцог, и его супруга были настроены прогермански. Для чего нужно было это перемещение? Дело было в том, что в случае успешного завершения операции «Морской лев» и захвата Англии Гитлер рассчитывал посадить на британский престол своего, «карманного» короля.
Но уговоры не помогли – герцог стал губернатором Багамских островов.
В начале 1941 года Шелленберг сосредотачивается на подготовке и заброске агентуры в СССР. Одновременно усиливается деятельность контрразведки против русских, внимание теперь обращено не только на советских дипломатов, но и на эмигрантов. Каждый третий из эмигрантов превращается в агента Шелленберга. Позже он был намерен использовать «спящих» агентов на оккупированной территории. В мемуарах Шелленберг писал о советской разведке: «Мы раскрыли многочисленную агентуру, маршруты курьеров и местонахождение секретных передатчиков… Нам также стало многое известно о методах их работы и об отношениях между различными группами агентов, работавших на них». Вероятно, это было своего рода преувеличение – перед войной советская разведка в Германии существенных потерь не понесла.
Двадцать второго июня 1941 года Шелленберга назначают начальником VI управления РСХА – службы разведки за рубежом. Вскоре он узнал, что на основе донесений немецких разведчиков нельзя было составить представление об истинных военном и экономическом потенциалах Советского Союза, в них полностью игнорировалась его способность к сопротивлению. Неожиданностью стала и умело организованная партизанская война.
К борьбе против Красной армии Шелленберг привлекает генерала Власова и лиц, перешедших на сторону немцев. Но зачастую честь родины для пленных была ценнее, чем все обещания немцев. Боевые дружины, организованные немцами из таких людей, переходили на сторону советских войск и воевали в составе партизанских отрядов. Кстати, партизаны доставляли немцам массу неприятностей.
Гитлер желал иметь исчерпывающую информацию о партизанских соединениях, о том, как они организованы, кому подчиняются и какие задачи перед ними стоят. Фюрера немало удивило то, что приходу немецких войск нигде не были рады, более того, им навязывалась партизанская война. Шелленберг так пытался объяснить это явление: «Русские воспользовались жестокостью, с какой немцы вели войну, в качестве идеологической основы