1926 г. переведен на сверхсрочную службу. В ноябре 1926 г. он был зачислен курсантом на курсы в Красноярскую артиллерийскую школу, преобразованную затем в Томскую артиллерийскую школу. По ее окончании в апреле 1930 г. вернулся в полк, где и.д. командира огневого взвода и полковой школы. С декабря 1931 г. командовал взводом управления в артиллерийском дивизионе Омской пехотной школы, одновременно был курсовым командиром. В январе 1933 г. поступил в подготовительный класс Артиллерийской академии РККА им. Ф.Э. Дзержинского, затем учился на основном факультете академии. По завершении обучения он был оставлен в академии в должности адъюнкта кафедры тактики. 3 июня 1941 г. майор С.И. Гайдуков был назначен начальником штаба 518-го артиллерийского полка ПВО Западного Особого военного округа в г. Барановичи (прибыл к месту службы 20 июня 1941 г.). В начале Великой Отечественной войны 22 июня 1941 г. из трех дивизионов полка лишь один был выведен на огневые позиции (один дивизион находился в лагерях на маневрах, другой – без материальной части). В течение первых 3 дней полк в этом составе вел напряженную боевую работу по ПВО г. Барановичи, сбив при этом 6 самолетов противника. 24 июня майор С.И. Гайдуков получил приказ командующего Барановичским бригадным районом ПВО полковника К.И. Шаф– ранского на отход на Минск. Отход проходил в сложных условиях, под непрерывным воздействием авиации противника, при этом часть зенитных орудий и техники была утеряна, часть – уничтожена. 27 июня в районе ст. Столбцы полк отражал атаки немецкого мотоотряда, пытавшегося захватить мост через р. Неман. Затем полк под его командованием отходил на Могилев. Лишь к 2 июля 1941 г. полк встал на ПВО Могилева, имея всего 13 орудий (из них 10 – 85-мм, которые были без снарядов). В середине июля по приказу командующего Западной зоной ПВО полковника П.Е. Хорошилова оставшаяся исправная материальная часть (всего 6 орудий), часть прожекторов и 70% личного состава были направлены в тыл в район Рославля. Остатки полка вели боевые действия в составе Могилевской группы войск (172-я стрелковая дивизия). В этих боях С.И. Гайдуков был ранен. В районе Чаусы остатки полка, попав в окружение, были разбиты. В последующем полк выходил из окружения отдельными группами. 23 июля вывел около 20 человек в район расположения 110-й стрелковой дивизии и штаба 61-го стрелкового корпуса. Сдав оставшуюся материальную часть на укомплектование других зенитных частей, майор С.И. Гайдуков остался в распоряжении штаба корпуса, командовал штабной ротой командующего артиллерией корпуса. В последующем остатки дивизии и штаба корпуса отходили в направлении на Чериков. В ночь на 1 августа удалось выйти на охранение 524-го стрелкового полка. Затем он был направлен в штаб 3-й армии, после чего переведен сначала в г. Гомель, затем в Брянск. В Брянске занимался доформированием 518-го артиллерийского полка ПВО, одновременно и.д. начальника штаба пункта ПВО г. Брянск. По расформированию полка в начале октября 1941 г. майор С.И. Гайдуков был назначен начальником штаба Тульского бригадного района ПВО, зенитные части которого вели тяжелые бои с танками и авиацией противника
