Пользуясь растерянностью итальянских войск части НОАА взяли под свой контроль побережье Ионического моря от Логоры до Саранды, создав в перспективе возможность установления связей с находившимися в Южной Италии войсками Союзников.
В это же время стали постоянными стычки коммунистов с Бали Комбетар, вскоре переросшие в гражданскую войну.
В сентябре Италия капитулировала, Албания была оккупирована немецкими войсками. Легалитет и Балли Комбетар вступили в союз с Германией. К началу зимы 1943-44 партизанская армия выбила оккупантов из многих городов и районов Центральной и Южной Албании. НОАА насчитывала в тот период около 20 тыс. бойцов.
Зимой 1943—1944 немецкие войска и коллаборационистские формирования перешли в крупное наступление.
НОАА понесла значительные потери, Генштаб был надолго блокирован в горном районе Черменики к северо-востоку от Эльбасана.
В начале января 1944 немецкие войска предприняли новое общее наступление против партизанских сил на юге и в центре страны.
На сравнительно небольшой территории между Корчей и Бератом развернулись напряженные бои.
Немцы одержали победу, однако им не удалось занять Пермети – важный стратегический пункт в системе обороны партизанских зон.
Большая часть партизанских сил была вынуждена отойти в горы, но им удалось сохранить основной боевой потенциал и быстро восстановить его.
В марте 1944 в местечке Панарит недалеко от Корчи компартией были развернуты при помощи совецких военспецов курсы повышения квалификации для командиров и комиссаров НОАА.
Летом 1944 коммунистические партизаны перехватили инициативу, в конце июля они снова заняли значительные территории в Центральной и Северной частях страны.
24 мая 1944 в Пермети был создан Антифашистский национально-освободительный совет, члены которого объявили себя верховной властю в Албании.
К осени 1944 года в составе НОАА было 24 бригады.
В это время они вели бои с немецкими войсками, отступавшими из Греции через территорию Албании.
В конце августа партизаны взяли Мирдиту. В префектуре Шкодры партизаны вели бои против вооружённых отрядов региональных вождей, создавших в октябре своё правительство – Лига Шкодры; в северо-восточной части страны против регулярных немецких формирований и албанской дивизии СС.
17 ноября 1944 части НОАА взяли Тирану.
29 ноября был взят Шкодер, последний албанский город, удерживаемый оккупантами.
В конце года албанские партизаны совместно с отрядами Народно-освободительной армии Югославии участвовали в военных операциях в Черногории и Косово.
Ну а пока рядовые партизаны воевали руководители КПА тоже не зря сидели в своем офисе!
Так уже 24 мая 1944 года ими был создан так называемый "Антифашистский национально-освободительный совет Албании" (где большинство опять имели коммунисты), преобразованный 20 октября того же года во "Временное демократическое