Другим спорным вопросом стало намерение украинской стороны собирать таможенные пошлины со всех товаров, ввозимых для нужд российского флота. В Москве с этим также были абсолютно не согласны. Более того, российская сторона пыталась добиться отмены всех налогов, которые уже действовали в отношении грузов, ввозимых для обеспечения жизнеспособности российского флота. Нерешённой осталась и проблема маяков, находящихся в пользовании у Черноморского флота России.
Накапливались и проблемы вокруг продлённого по новому договору пребывания Черноморского флота в Севастополе. За три года не была проведена инвентаризация имущества и земли, которую арендовал российский флот в Крыму, что затрудняло определение реальной стоимости объектов. Нередко арендуемые объекты использовались не по назначению. К примеру, по данным Центра НОМОС, Черноморский флот РФ передал третьим лицам до 200 объектов, которые использовались под магазины, бары, офисы, склады и т. д. В то время как российские военные зарабатывали на имуществе, сдавая его в субаренду, Украина теряла деньги. По словам директора военных программ Центра Разумкова Николая Сунгуровского, коммерческая цена аренды имущества колеблется в пределах 2–9 млрд, долларов. Конечно, данная цифра вызывает большие сомнения. Но, тем не менее, для России её присутствие в Крыму действительно обходилось довольно дешево – около 100 млн. долларов ежегодно. Деньги эти не перечислялись Россией, а шли в счет погашения украинского газового долга 1990-х.
Кроме того, не был урегулирован вопрос по контролю пребывания российских солдат на территории Украины. «Также не завершен процесс передачи маяков, нет определенности с условиями замены российских кораблей», – пояснял руководитель исследовательских программ Центра исследований армии, конверсии и разоружения Сергей Згурец.
Россия же за этот период увеличила численность военнослужащих в Крыму и количество кораблей. Согласно данным 2010 года, численность Черноморского флота составляла 35 кораблей, 2 подводные лодки и 11,5 тысяч военнослужащих. В 2013 году количество кораблей выросло до 43, а количество военнослужащих – до 14 тысяч.
Но всё это были мелочи на фоне самого важного вопроса – газового. Перед встречей в Харькове премьер Николай Азаров вылетел в Москву на переговоры с премьером Путиным: надо было утрясти все детали харьковской сделки. После многочасовых переговоров договорились, что пока цена на газ не будет меняться в течение года, а потом вернуться к обсуждению этого вопроса. Россия согласилась разве что пойти на скидку в размере 100 долларов. Азаров подробно проинформировал Януковича о всех договоренностях, которые предстояло подписать в Харькове.