Однако, дружба Гувера и Маккарти оказалась довольно непродолжительной и завершилась на самом пике популярности Маккарти. После избрания в 1952 году президентом Соединенных Штатов Дуайта Эйзенхауэра, Гувер вынужден был положить конец этой дружбе, так как постоянно обвинявший Трумэна и его администрацию в некомпетентности в области внутренней безопасности Маккарти, с не меньшей энергией начал критиковать и деятельность нового президента, являвшего для Гувера символ порядка и государственности368. Примечательно, что вскоре после этого политическая популярность Маккарти стала сходить на нет. Уже в декабре 1954 года Сенат большинством в 65 голосов постановил, что Маккарти «…создал предпосылки для бесчестия и дурной репутации Сената».
После избрания президентом Соединенных Штатов Дуайта Эйзенхауэра стала прослеживаться устойчивая тенденция к возрастанию роли ФБР в политической жизни США. В отличии от своего предшественника Гарри Трумэна Эйзенхауэр в дилемме между национальной безопасностью и гражданскими правами и свободами склонен был полностью отдавать предпочтение интересам национальной безопасности, считая в определенных случаях не только оправданным, но и необходимым сознательно идти на ущемление гражданских прав и свобод личности в интересах укрепления национальной безопасности369.
По утверждению Гувера, после прихода Эйзенхауэра в Белый Дом и до самого конца его президентства, у главы ФБР и у президента никогда не возникало каких-либо принципиальных расхождений во взглядах на вопросы безопасности. Администрация Эйзенхауэра предоставила Гуверу полный контроль над всеми находящимися в ведении ФБР вопросами. После успешной атаки на Коммунистическую партию при помощи Закона Смита и дел о шпионаже, ФБР готовилось к новому удару по тем силам, которые, по мнению его шефа, угрожали устоям американского общества. Доверие, которое новый президент питал к директору Бюро можно проиллюстрировать словами самого Эйзенхауэра: “Так высоко было мое уважение к нему (имеется в виду Джон Эдгар Гувер), что я пригласил его на встречу с единственной целью – уверить его, что я желал бы видеть его в своем правительстве на весь срок моего президентства, и что в выполнении им своего долга он найдет всемерную поддержку со стороны моего аппарата370.
Эйзенхауэр имел обыкновение советоваться с Гувером по всем