Не оставила комиссия без внимание и военные разведывательные службы. Был отмечен низкий уровень профессионализма сотрудников военной разведки. Серьезные нарекания вызвала деятельность военной разведки в научно-технической сфере. В частности было обращено внимание на низкую эффективность разведывательной деятельности на таких направлениях, как электроника, аэродинамика, военно-прикладные аспекты химии и биологии, разработка ракет, исследования в области ядерной энергии. В отчете подчеркивалось, что "…несвоевременное получение разведывательных данных о научно-технических достижениях враждебных государств (в первую очередь имелся в виду СССР) может привести к более стремительным и катастрофическим последствиям, чем неудачи на других направлениях разведывательной деятельности"317.
Для совершенствования систем координации внутри разведывательного сообщества и для улучшения работы по подготовки национальных разведывательных оценок рабочая группа Эберштадта рекомендовала создать в рамках ЦРУ новое аналитическое подразделение, которое бы стало высшим звеном в системе аналитической обработки информации для всего разведывательного сообщества. Подразделение предлагалось укомплектовать опытными и компетентными сотрудниками, которые бы были освобождены от каких-либо административных функций и могли полностью сосредоточиться на аналитических задачах318.
Рабочая группа Эберштадта высказалась за сосредоточение всей деятельности, связанной с проведением за пределами Соединенных Штатов тайных операций в одном из подразделений ЦРУ. Все контрольные функции предлагалось сконцентрировать в Совете национальной безопасности. Подобные предложения вызвали резко отрицательную реакцию представителей министерства обороны, которые считали, что тайные операции традиционно являются прерогативой военных. В качестве компромиссного варианта, в итоговом отчета было указано, что в условиях военного положения полномочиями в сфере проведения тайных операций должен обладать Объединенный комитет начальников штабов319.
В отношении разведывательного бюджета комиссией было предложено разработать правовую базу, которая бы регулировала процесс подготовки, обсуждения и принятия разведывательного бюджета. Комиссия согласилась с необходимостью соблюдения секретности в отношении бюджета ЦРУ, которая позволяет достичь "…административной гибкости и анонимности, которые так необходимы для эффективной разведки"320.
Хотя отчет рабочей группы Эберштадта не получил столь широкого признания в политических кругах США как доклад Даллеса-Джексона-Корреа (Группа инспектирования разведки), однако он сыграл определенную роль в ходе реорганизации разведки, инициированной в 1950 году директором центральной разведки Вальтером