По поводу распределения контрразведывательных полномочий между указанными службами в директиве Рузвельта говорилось буквально следующее: “…Это мое желание, чтобы все расследования по фактам шпионажа, контршпионажа и саботажа осуществлялись ФБР, Управлением военной разведки военного министерства и Отделом военно-морской разведки в военно-морском министерстве. Руководители этих трех ведомств должны действовать, координируя между собой работу. Никакое расследование, если оно касается вопросов, связанных в какой-либо степени с фактами шпионажа, контршпионажа или саботажа, не должно проводится каким-либо ведомством за исключением перечисленных выше трех ведомств”266.
Однако, помимо обозначенных в директиве Рузвельта ведомств, традиционно разведывательной деятельностью занимался и Государственный департамент. Причем, как внешнеполитическое ведомство США, он претендовал на ведущую и координирующую роль в сфере внешней разведки. Противоречия между Государственным департаментом и ФБР достигли своего пика к сентябрю 1939 года. Был поднят вопрос о том, кто будет координировать разведывательную и контрразведывательную деятельность. Президент разрешил спор в пользу ФБР.
Для координации разведывательных и контрразведывательных программ ФБР, отдела военной разведки и отдела военно-морской разведки был образован Межведомственный разведывательный комитет. При этом, несмотря на формальное равноправие всех служб-членов вновь созданного комитета, фактически, ведущую роль в нем играло Федеральное бюро расследований и его директор Джон Эдгар Гувер. В решении президента немаловажную роль сыграла позиция Генерального Атторнея Франка Мэрфи, который настоятельно советовал Президенту всю юрисдикцию по делам о контрразведке и саботаже централизовать в ФБР и разведывательных подразделениях военного министерства.
Рузвельт издал также секретную директиву, обязав все федеральные ведомства передавать в ФБР любую информацию и материалы, касающиеся вопросов разведки и контрразведки. Это позволило ФБР получать интересующую ведомство информацию из различных государственных органов, включая Государственный департамент, армию и флот. Уже к осени 1939 года ФБР становится основным контрразведывательным и одним из ведущих разведывательных органов