При наместнике был создан Государственный совет, члены которого назначались королем из высших чинов королевской администрации, английских и англо-ирладских аристократов. Этот совет, подобно Тайному совету в Лондоне, контролировал осуществление политики короля, вместе с наместником издавал прокламации, обязательные для всей страны. Суд королевской скамьи разбирал дела всех свободных подданных короля, а казначейский суд ведал доходами короля и всеми делами, связанными с ними. Для разбора дел о мятежах и других государственных преступлениях в 1562 г. был создан особый суд, получивший название Суд замковой палаты, – грозное орудие королевской власти, наподобие Звездной палаты в Лондоне.
Ирландский парламент из однопалатного представительного органа, каким он был на протяжении всего периода своего существования, превратился в двухпалатный, а его состав был значительно расширен, главным образом за счет представителей тех слоев, которые были заинтересованы в усилении власти короны над Ирландией, – рыцарей и богатых горожан. Они заседали в нижней палате. Верхнюю палату пополнили лояльными аристократами.
При Елизавете I были усилены английские гарнизоны, укреплена колониальная администрация. Были введены карательные законы против католиков: ирландский парламент 1560 г. подтвердил акт о церковной супрематии (верховенство) английского короля и установил строгие наказания за отказ признать супрематию, ввел англиканский молитвенник, запретил католическую мессу и обязал всех ирландцев посещать англиканскую службу в воскресные дни, а за каждое непосещение платить в 12 пенсов (Яков Стюарт карал за это даже тюремным заключением). Тем не менее, в целом по стране осуществление реформации, особенно в глухих районах острова, затянулось вплоть до английской революции XVII в.
Так в Ирландии после реформации появились две церкви: одна – чужеземная, официальная; другая – преследуемая английскими властями, но признаваемая большинством жителей острова. Нередко католики платили две десятины: одну – англиканской церкви по принуждению и другую – католической церкви добровольно.
Поскольку реформация и преследования католиков способствовали увеличению эмиграции из Ирландии, папа римский, а также короли католических стран получили возможность использовать ирландских эмигрантов-католиков в своих контр реформаторских целях.
Во второй половине XVI в. Тюдоры стали осуществлять массовые конфискации земель у ирландцев и англо-ирландцев и раздачу их своим сторонникам, широко используя для этого провокации и обвинения в государственной измене. Была осуществлена колонизация Манстера, Ольстера и части Ленстера, не входившей в Пейл. Первая массовая конфискация земель ирландских кланов и заселение их английскими колонистами были произведены в Ленстере, в графствах – Лейкс и Оффали, расположенных между Манстером, Коннотом и Пейлом и стратегически весьма важных для обеспечения английского