8 июля Малый совет Моссовета рассмотрел протест прокурора Москвы Геннадия Пономарева, просившего городскую представительную власть отменить решение о недоверии Юрию Лужкову. Прокурор усмотрел в нем нарушение закона. Он сослался на постановление ПВС РСФСР от 19 апреля 1991 г. о структуре органов власти Москвы и заключил, что Лужкова надлежит именовать «мэром», а не «заместителем главы администрации». Протест фактически был оставлен без удовлетворения. Зампред Моссовета Юрий Седых-Бондаренко в письме в прокуратуру указал, что данное постановление утратило силу в части, противоречащей Закону «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации», которым и руководствовался Моссовет. Он добавил, что указы президента об освобождении Гавриила Попова от обязанностей мэра и о возложении их на Юрия Лужкова не могут иметь силы, так как по закону принимать отставку первого и давать согласие на назначение последнего должен был все же Моссовет. В заключение зампред Моссовета упрекнул прокурора в «запутанных отношениях с законом и законностью».
Прокурор Москвы Геннадий Пономарев и сам сетовал на запутанность и противоречивость законодательства: по-своему были правы и мэрия, и Моссовет. Поэтому, считал прокурор, до принятия специального закона о Москве следовало сохранить статус-кво. Между тем комиссия прокуратуры России проверила работу столичной прокуратуры. Поговаривали, что генпрокурор Степанков был недоволен Пономаревым, так как тот упорно не становился на сторону исполнительной власти в ее споре с представительной. Намекали, что Пономареву не помешала бы моральная поддержка Лужкова, а Лужкову – Пономарева.
В итоге Геннадий Пономарев опротестовал решение Моссовета, и Мосгорсуд его протест удовлетворил. Депутаты обратились в Верховный суд России, но и высшая судебная власть страны подтвердила незаконность намеченных выборов. Впрочем, Юрий Седых-Бондаренко заявил, что депутаты и не рассчитывали на иное решение Верховного суда. По его словам, им был важен не столько результат, сколько сам факт кассации, который должен был продемонстрировать избирателям, что «депутаты городского Совета отстаивают нормы закона».
26 октября на заседании сессии Моссовет принял решение о проведении 7 февраля 1993 г. выборов главы городской администрации. Таким образом, конфликт между представительной и исполнительной властями столицы вновь обострился.
В ноябре Моссовет подал ходатайство в Конституционный суд России с просьбой рассмотреть соответствие действующему законодательству указов президента России Бориса Ельцина «О Г. X. Попове» и «О Ю. М. Лужкове» и принял обращение к VII съезду российских депутатов с просьбой оказать содействие в возвращении московским депутатам полномочий, отобранных, по мнению депутатов, указами президента.
6 декабря 1992 г. в повестке дня, обсуждавшейся на сессии Моссовета, вновь появилась проблема выборов мэра Москвы.