14 января 1928 года следователь вызвал на допрос в качестве свидетеля обвинения заведующего избой-читальней, и тот показал: «Был такой случай. Староста церковный приходит в наш кооператив и спрашивает у председателя: есть ли у вас дешевенькие платочки головные; на вопрос: зачем, он ответил, что батюшка хочет подарить их девушкам, которые ходят петь в церковь… В 1926 году на Рождество, как мне передавали, Малахов в проповеди перед народом выразился так: “Мы сегодня не будем вспоминать Калининых и Червяковых, а будем вспоминать нашего дорогого Господа Иисуса Христа…”».
28 февраля 1928 года отец Василий направил в ОГПУ заявление, в котором писал: «13 декабря минувшего года я был арестован агентом Витебского ОГПУ; с того времени уже два месяца томлюсь в исправдоме… Все это время я внимательно относился ко всему происходящему, тщательно анализировал свою минувшую жизнь в отношении ее политической благонадежности, старался проникнуть в суть предъявленного мне обвинения – и тем не менее доселе никак не мог понять: за что я арестован, в чем меня обвиняют?.. Внук и сын бедных крестьян, я на примере своих деда и отца видел произвол власти помещиков, видел многие неправды бывшего социального строя, на себе самом я испытал, как трудно было мне, крестьянскому мальчику, пробивать себе дорогу! В годы учения сколько приходилось мне переносить незаслуженных обид, проглотить горьких слез! С детства, с молоком матери в мою кровь всосались, с одной стороны, отвращение ко всякому насилию, ко всякой социальной несправедливости, социальному неравенству, с другой стороны – любовь к народу… Я жил и служил всегда с мыслью окончить жизнь у себя на родине… За тринадцать месяцев службы я старался принести посильную пользу своему родному приходу. Не умолкая, я звал своих пасомых быть хорошими христианами и честными гражданами, чуждыми современных недостатков: нравственной распущенности, хулиганства, бандитизма и тому подобного. Особенно я звал к этому молодежь… Конкретных обвинений в том, что я возбуждаю население к массовым волнениям… на следствии мне не было предъявлено…
Возможных наказаний и лишения я не боюсь, но, прежде всего и больше всего, я ищу правды. Я верю, что эта правда есть и высшая власть ее мне окажет».
18 мая 1928 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило протоиерея Василия Малахова к трем годам ссылки в Сибирь, и он был направлен этапом в город Нижнеудинск. 30 мая 1931 года он был приговорен к лишению права проживания в двенадцати городах и областях. После того как кончился срок ограничения места жительства, священник с супругой Марией уехали в местечко Усвяты, неподалеку от деревни Дуброво. Здесь отец Василий стал служить