Его участие в программах межрасового экуменического обучения, проводимых англиканским духовенством в Южной Африке в начале 1960 гг., привело к выходу из Ордена. Инструкторы работали с направлением феноменологии. Они занимались вопросом выделения того, что является необходимым, из всего имеющегося многообразия, без намерения, без страха, без предубеждений, опираясь только на то, что явственно. Он был глубоко впечатлен тем, как их методы показывали возможность примирения противоположностей через взаимное уважение.
Начало его интереса к феноменологии привело к сложению сана. Хеллингер рассказывает, как один из инструкторов спросил группу: «Что для вас важнее, идеалы или люди? Чем из этого вы бы пожертвовали ради другого?». Для него это была не просто философская загадка. Он остро чувствовал то, как нацистский режим жертвовал человеческой жизнью ради идеалов. Он говорит: «В определенном смысле этот вопрос изменил мою жизнь. С тех пор основным направлением, формировавшим мою работу, стала ориентация на людей».
После того, как он оставил свою работу священника, он встретил свою будущую первую жену, Герту. Они поженились вскоре после его возвращения в Германию. В начале 1970-х годов он переехал в Вену, пройдя классический курс в Венской Ассоциации психоанализа. Он завершил своё обучение в Мюнхенской Ассоциации психоанализа и был принят в качестве практикующего члена. В 1973 Хеллингер покинул Германию во второй раз и переехал в Соединенные Штаты, чтобы продолжать обучение у Артура Янова в Калифорнии. Одним из наиболее значительных влияний было влияние Эрика Берна и трансакционного анализа.
В семидесятилетнем возрасте по просьбе немецкого психиатра Гунтхарда Вебера он согласился записать и отредактировать серию записанных семинаров. Вебер опубликовал книгу в 1993 году под названием Zweierlei Gluck [«Два рода счастья»]. Он надеялся продать две тысячи копий среди немецких психотерапевтов, заинтересованных в альтернативных подходах. На удивление, книгу приняли с энтузиазмом и она стала национальным бестселлером. Было продано двести тысяч экземпляров. В течение последующих 15 лет он стал автором 64 книг, некоторые переведены и изданы на русском языке.
Хеллингер много путешествует, читая лекции, проводя семинары и обучающие курсы по всей Европе, в Соединенных Штатах, Центральной и Южной Америке, России, Китае и Японии.
Берт Хеллингер и его вторая жена Мария София Хеллингер (Эрдоди) возглавляют Школу Хеллингера (Hellinger Schule), где проводит обучение «новым» семейным расстановкам.
Данный метод учитывает незримые законы семейных и организационных систем, которые работают независимо от того, знаем мы о них или нет. Расстановочная работа позволяет увидеть нарушения в системе и восстановить их; осознать и исцелить истинные причины событий, сюжетов, болезней, осознать, что на нас влияет, и освободиться.
Под феноменологией понимается следование за процессами клиента, отсутствие