Перед центральным входом вмонтировано несколько надгробных плит, одна из которых упоминает итальянского гуманиста, историка Флавио Бьондо (1392 – 1388). Именно он первым ввел термин «средние века (лат. medium aevum)», и был одним из первых историков, использовавших деление истории на три периода – древний, средневековый и современный. Кроме этого Флавио Бьондо, как и его современник Поджио Браччолини, известен как один из первых археологов. Им были опубликованы три энциклопедческих труда по руинам и топографии древнего Рима.
Внутри пространство базилики на три нефа разделяют двадцать две разношерстные античные колонны древнеримских храмов (возможно в их числе есть колонны из храма Юноны Монеты) и гражданских строений. На третьей колонне левого нефа видна надпись «A CUBICULO AUGUSTORUM» (из опочивальни Августа). Легенда утверждает, что именно здесь была спальня императора Августа, а отверстие в колонне – след от божественного луча, сопровождавшего явление императору Девы Марии. В действительности покои Августа находились в его доме на Палатинском холме (Domus Augusti), к которому примыкал дом его супруги Ливии.
На следующей за ней колонне алтарь, посвященный Мадонне Заступнице грешников – Madonna del Rifugio (ит. rifugio – убежище, приют). Считается, что фреска Мадонны с младенцем – работа мастера XV века из Витербо. В ногах Девы Марии изображена маленькая фигура заказчика в монашеском одеянии. Число почитавших этот образ было так велико, что к Юбилейному 1600 году на средства знатного горожанина Джероламо Фаби возле образа был оборудованы в стиле барокко алтарь и мраморная балюстрада.
Пятую колонну украшает фреска XIV века «Евангелист Лука». Деревянная кафедра возле шестой колонны появилась в XVII веке и ее дизайн приписывался Бернини, что ныне оспаривается искусствоведами.
На последней колонне справа видна надпись probi, что можно перевести как «годится».
Над каждой колонной находится тондо с изображениями францисканских святых. Эти нежные фрески выполнил в XVII веке францисканский монах Умиле да Фолиньо. Он же принимал участие в росписи больших прямоугольных фресок между окнами центрального нефа вместе с Джованни Одацци и Джузеппе Пассери. На этих очень жизнерадостных фресках представлены сцены из жизни Девы Марии и некоторые ветхозаветные персонажи. Фрески «Поклонение волхвов», «Бегство в Египет» и «Царь Давид» выполнил в стиле классического барокко Джованни Одацци, член Академии виртуозов Пантеона и Святого Луки. Джузеппе Пассери, любимый ученик Карло Маратти придворного живописца французского короля Людовика XIV, написал «Смерть Девы Марии» и «Вознесение Девы Марии». Самому Умиле да Фолиньо принадлежат фрески «Мадонна Непорочное зачатие», «Рождество Девы Марии», «Представление Девы Марии в храм», «Благовещение», «Встреча Марии и Елизаветы», «Поклонение пастухов» и «Пророк Исайя». Две последние фрески слева