Детство Г. Е. Маркова прошло в противоречивой атмосфере 30-х годов XX века; он рос и формировался в семье потомственных русских интеллигентов. Дед Геннадия Евгеньевича со стороны матери Н. Н. Чернецов был известным архитектором, одним из разработчиков плана ГОЭЛРО; дед по отцовской линии – художником и инженером, а отец участвовал в сооружении танкового цеха Сталинградского тракторного завода Влияние дяди, известного этнолога и археолога Валерия Николаевича Чернецова, рано сформировало круг интересов Г. Е. Маркова, который еще подростком всерьез заинтересовался историей, археологией и этнографией Азии.
Юношеские планы и замыслы могли остаться нереализованными: грянула Великая Отечественная война, и с первых же ее дней 18-летний Геннадий Марков оказался на передовой, где с перерывами на лечение в госпиталях, воевал до победного мая 1945. За участие в боевых действиях Марков был награжден четырьмя орденами и многими медалями. Однако с окончанием войны служба в рядах армии не закончилась. Блестящее знание немецкого языка и значительный боевой опыт способствовали тому, что молодой офицер продолжил службу в Австрии.
Примечательно, что Марков очень скупо делился воспоминаниями о Великой Отечественной и личном боевом опыте, не смакуя подробностей, не романтизируя и не демонизируя постфактум те, одновременно, героические и трагические годы. Важным, переломным фактом собственной биографии он считал отказ от блестящей перспективы, которая открывалась перед ним на службе в силовых ведомствах и сознательный выбор в пользу науки и академической карьеры. Вот, что об этом говорил сам Геннадий Евгеньевич: «Меня моя военная специальность как-то не увлекала; меня, правда, собирались посылать в Москву, в соответствующую академию, а я не хотел. Я хотел учиться, заниматься этнографией, и я начал писать заявления, написал в общей сложности 15 заявлений. В конечном счете, меня отпустили и дали бумажку. Когда потом в Москве разные начальники смотрели на эту бумажку, они глазам своим не верили – там было написано “уволен по личной просьбе”» (Интервью с Г. Е. Марковым // Проблемно-тематическое пространство и теоретические границы современной этнологии. М., 2013. С. 24). Так проявилась конституирующая черта личности Маркова – склонность следовать