Как-то Мария встретилась с двумя санаксарскими монахами, ехавшими на Соловки к сосланному туда отцу Феодору Санаксарскому. От них она узнала о жизни старца, его мудрости, суровом быте восстановленных им обителей, о его страдании за правду И Марии захотелось познакомиться с отцом Феодором.
Вскоре умер ее отец, и Мария смогла беспрепятственно поехать на Соловки.
После посещения отца Феодора Мария поступила в Арзамасскую Алексеевскую общину. Эта обитель восстановилась благодаря заботам отца Феодора, который поселил в ней нескольких женщин, последовавших за ним из Петербурга. Под руководством старца число насельниц достигло ста пятидесяти человек. Два-три раза в год в Арзамас, находящийся в ста верстах от Санаксарского монастыря, приезжал отец Феодор. Он останавливался на подворье и навещал сестер общины. Его всегда встречали как родного отца. Сестры собирались послушать отца Феодора в большой келье, затем он давал наставления каждой отдельно, смотря по их нуждам.
Отец Феодор благословил такой устав, чтобы все у сестер было общее, чтобы они беспрекословно повиновались настоятельнице и чтобы все трудились. Община не имела обеспечения, не посылала сборщиц по городам. Сестры зарабатывали пропитание своим трудом. Работы были разнообразными. Золотошвейным искусством община славилась на всю Россию, инокини низали жемчуг, шили платья, ткали холсты, вязали чулки. Во время работы одна из сестер должна была вслух читать духовную книгу.
В церковь в будни ходили по очереди, лишь те, кто не имел важной работы, и старушки. В праздники ходили все и стояли, скрытые занавесью от мирских. В обители было запрещено вести лишние разговоры, ссориться. Кроме десяти старушек, которые ходили в город за покупками, никто не выходил за ограду.
Сестры постоянно переписывались с отцом Феодором. Сохранились его замечательные письма к Протасьевой. Он очень ценил Марию и, несмотря на ее молодость (ей тогда было двадцать пять лет), назначил ее настоятельницей. Прежняя настоятельница уже не могла из-за старости управлять общиной. Вначале многие роптали на старца и неприязненно относились к Марии. Но терпением и кротостью она приобрела общую любовь.
Приняв тайную схиму с именем Марфа, она усилила свои подвиги. Чтобы скрыть свой пост, она говорила, что ей вредно молочное.
Мария обладала удивительным даром слова. Ее очень любили и чтили во многих московских семьях и ради нее помогали обители. С целью помочь своей обители она даже ездила в Москву.
Хотя община была небогатой, матушка всегда выделяла толику для бедных и нищих, с которыми, как она говорила, сходит благодать и благословение Божие. Когда ей писали, что новые женщины просятся в общину, она отвечала: «Хоть десять придут, всех приму. Лучше от своего тела оторвать, чем душе христианской в спасении отказать».
Когда отцу Феодору запретили посещать обитель, это было большим горем для матушки. Только один раз посетил потом старец Алексеевскую общину. После его кончины матушка Марфа искала духовного окормления у отца Амфилохия, иеромонаха ростовского