После того как Керенский не смог выполнять полномочия Главковерха (в условиях отказа казаков корпуса генерала Краснова продолжать движение на Петроград) и его бегства из Гатчины обязанности Верховного Главнокомандующего принял на себя генерал-лейтенант Н. Н. Духонин. Об этом им было официально объявлено в приказе от 1 ноября 1917 г. Отмечая, что между войсками генерала Краснова и петроградским гарнизоном заключено перемирие, «дабы остановить кровопролитие гражданской войны», Духонин вместе с тем констатировал, что Керенский как Главковерх «оставил отряд, и место его пребывания в настоящее время не установлено». Закономерно опираясь на статьи Положения о полевом управлении войск, Духонин заявлял о своем вступлении в должность. Начальником штаба Духонина стал Дитерихс. В приказе отмечалось, что Ставка становится, по существу, структурой «оперативно-технической», а не политической и переводит свою работу в сугубо фронтовую сферу, так как «в настоящее время между различными партиями происходят переговоры для сформирования Временного правительства».
Отказавшись вести переговоры о сепаратном мире по требованию Совнаркома, Духонин не исключал возможности оказания вооруженного сопротивления отправленным из Петрограда воинским эшелонам под командованием прапорщика Крыленко. 12 ноября начальнику 1-й Финляндской стрелковой дивизии предписывалось «вооруженной силой воспрепятствовать вооруженному конвою прапорщика Крыленко». Дивизия объявила о своем «нейтралитете», но комитет ее ударного батальона принял самостоятельное постановление. Комитет заявил Штабу Главковерха о «предложении всех сил на борьбу с анархией и захватом власти большевиками» (см. приложение № 4). Ударники, совместно с ЦИК революционных батальонов во главе с матросом С. Рыбасом, заявили о готовности оказать вооруженное сопротивление отрядам Крыленко даже в том случае, если никто их не поддержит. Однако генерал Духонин запретил ударным батальонам начинать «братоубийство», предписав им покинуть Могилев и походным порядком отправиться на Дон. Манакин считал виновным в данном решении не столько самого генерала Духонина, сколько Дитерихса, который «вместо того, чтобы поддержать Духонина морально и заставить его решиться на какой-нибудь твердый поступок, стоял рядом с ним… гипнотизируя Духонина, что выхода нет».
В