«Вы счастливые. Владыка Иоанн – Архиерей Божией милостью, вы его слушайте», – писал архимандрит Иоанн (Крестьянкин). Проповеди, беседы, статьи, книги, обращения к народу пронизывала искренняя, из глубины души идущая боль и тревога о дорогой его сердцу России. В статье «Плач по Руси Великой» он писал: «Болезнует сердце и скорбит душа, Господи, глядя, как калечат и мучают Святую Русь – избранницу Твою, подножие Престола Твоего… Томится дух и плачет безутешно, облекая горький плач свой в слова древней молитвы: “Отче наш, Иже еси на небесех! Да святится имя Твое в России! Да приидет Царствие Твое в России! Да будет воля Твоя в России!” Так дерзновенно взывал некогда ко Господу великий русский праведник – о. Иоанн Кронштадтский. Так бы и нам всем вопиять ныне, памятуя древнюю славу России, скорбя над ее нынешним убожеством и срамом».
Глубокая молитва ко Господу и печалование за свою паству было главным архипастырским его служением. «Я плакал пред Богом навзрыд, просил Его защитить невинных и возбудить мужество у людей, – писал он в дневнике. – Господи, – умолял я Благость Божию, – не дай ради Твоих страданий посмеяться врагу над нами. Покажи, что Ты и теперь… защищаешь взыскивающих к Тебе».
Как правящий архиерей он прежде всего стремился, проповедуя, указать своей пастве путь к спасению в благодатной жизни Церкви, в ее Таинствах. В одной из проповедей на праздник Покрова Божией Матери он говорил: «Какие же камни должны лечь во главу храма нашего спасения? Прежде всего – это молитва к Богу и Таинства, которые имеет в недрах своих Святая Церковь: Крещения, Миропомазания, Покаяния, Святой Евхаристии… Присовокупим к этому добрые дела – и получим все необходимое для спасения».
Главным назначением и призванием России в XX веке, в эпоху великих гонений, страданий и смут, Владыка считал исповедническое стояние русского народа в вере православной. «Знайте все: Русь идет своим исповедническим, мученическим, жертвенным путем, предначертанным ей всемогущим Промыслом Божиим. Сохранение полноты и целостности апостольского, святоотеческого Православия – первейший долг Церкви, первейшая обязанность любого верующего человека. Покуда цело Божественное учение, сильна и необорима Церковь Русская. Поколеблемся в вере… поддадимся соблазнам – утеряем церковную благодать, лишимся спасения, погубим себя и Россию!» – писал он в одном из посланий.
Большое внимание Архипастырь уделял духовному просвещению нашего города. Он отредактировал и издал книги свт. Феофана Затворника: «Что есть духовная жизнь и как на нее настроиться?», «Ключи разумения». Благодаря ему вновь увидели свет богословские творения прп. Ефрема Сирина и других.
После долгих лет вынужденного молчания Русская Православная Церковь в лице Владыки Иоанна заговорила в полный голос о самых важных вопросах и проблемах жизни России. Выступления и статьи Митрополита Иоанна сняли табу с различных вопросов, десятилетиями умалчиваемых, открыли для многих Православие как великую духовную и нравственную силу возрождения России. Владыка неустанно стремился к воцерковлению нашего народа.
В эти годы под видом «обретенных свобод» в нашем обществе началось соблазнение людей «золотым тельцом», культом наживы: страну захлестнула волна сектантства, оккультизма и откровенного колдовства. Появились многочисленные западные проповедники, лжеучителя, сеющие ереси и расколы. Фактически началась религиозная война. Именно Владыка Иоанн указал на опасность, которая постоянно угрожала Православию и России со стороны агрессивного Запада, когда так называемый «цивилизованный мир» стремился завладеть душой нашего народа, вытесняя из его духовной жизни веру в Бога, желая поработить грехом сребролюбия.
На вопросы, как спасти народ и страну от этого зла, Владыка отвечал: «У нас есть единственный путь спасения – путь объединения вокруг наших вековых святынь, возрождения русской соборности и державности, духовного прозрения и очищения. Сумеем пробиться к Богу сквозь толщу лжи и клеветы, нагроможденную христоненавистниками, значит, сумеем возродить Святую Русь».
Как истинный архиерей Божий Владыка выступил в защиту Православия от опасной ереси XX века – экуменизма: «…желание “уравнять в правах” Русскую Православную Церковь с какой-нибудь протестантской сектой – не что иное, как попытка втянуть Россию в гибельный процесс духовной деградации, который превратил Запад в бездушное и обезверившееся “общество потребления”!»
Трудами и усердием Владыки Иоанна число действующих храмов в Санкт-Петербургской епархии увеличилось в три раза. Начались богослужения в Казанском, Троице-Измайловском, Андреевском, Петропавловском соборах, Царскосельском Феодоровском соборе, Петропавловском соборе в Петергофе, в храме Богоявления на Гутуевском острове, Воскресения Христова у Варшавского вокзала, свв. правв. Симеона и Анны, св. Пантелеймона в Удельной, Благовещенском, образа Спаса Нерукотворного на Конюшенной, св. Иоанна Предтечи на Каменном острове, св. Апостола Петра в Лахте и других. Были выстроены и открыты новые церкви и храмы при больницах, тюрьмах, роддомах, кладбищах: свт. Николая Чудотворца на Северном кладбище, вмч. Георгия Победоносца на Средней Рогатке, свт. Петра, митрополита Московского в Ульянке…