Существенные изменения погодных условий в Перу происходят нерегулярно, чередуясь, через каждые 3–8 лет. Эти изменения называют Эль-Ниньо и известны также как «Южное колебание», которые происходят в результате существенных изменений атмосферных и морских условий. Причины этого явления до конца не изучены. Тёплое течение Эль-Ниньо появляется у берегов, вытесняет холодную воду из течения Гумбольдта, в результате чего наблюдаются проливные и разрушительные ливни в прибрежной пустыне. Наиболее интенсивная фаза Эль-Ниньо обычно длится около года, когда океан у побережья Перу нагревается на несколько градусов и уровень моря поднимается. Температура воздуха и количество осадков увеличиваются на побережье, сухой воздух переходит через Анды и блокирует поступление влажного воздуха из Амазонии в высокогорья, провоцируя засухи в горах. Особенно сильные последствия Эль-Ниньо, наблюдаемые в 1925 г., в 1982-83 гг., в 1997-98 гг., стали причиной экологических катастроф. В частности, происходила массовая гибель птиц и рыбы, был нанесён огромный ущерб инфраструктуре – дорогам, каналам, и сельскохозяйственным землям.
При отклонении в сторону охлаждении океана, называемом Ла-Нинья, температура воздуха понижается, количество осадков на побережье растёт[9].
Из-за климатических особенностей сельскохозяйственная деятельность на побережье возможна только в долинах рек и в районах с относительно высоким уровнем грунтовых вод. В пустыне расположено около 40 оазисов, где развито земледелие. Это оазисы вблизи городов Лима, Чиклайо и Трухильо. Растительность в пустынной зоне скудная. В основном это травы и травянистые растения, которые получают влагу из прибрежных туманов.
В северной части побережья средняя температура воздуха выше на 2–3 градуса, чем в южной (рис. 1, 3). В г. Чиклайо максимальная средняя дневная температура 30 °C в феврале и минимальная – 23 °C в августе. В регионе Писко аналогичный ход температур, но осадки практически отсутствуют.
2) В Сьерре климатические условия изменяются в широком диапазоне в зависимости от широты местности, высоты над уровнем океана, местных ветров и количества дождей. В общем, температура уменьшается с высотой, сумма осадков за год уменьшается с севера на юг и с востока на запад. Сезон дождей приходится на декабрь-март, наибольшее количество осадков приходится на север и восточные склоны Анд. Температуры мало изменяются по сезонам, но суточные амплитуды от дневных максимумов до предрассветных минимумов достигают в горных системах более 20 °C. Например, в Куско, на высоте 3399 метров, средняя температура января составляет 11 °C, июля – 8 °C. Амплитуда колебания суточных температур до 22 °C. В северной части Андской долины Перу климатические условия более