Выделяют четыре латинские версии: A, B (B-Is), C и Y, происходящие, как кажется, от разных греческих версий. Как и в случае с последними, все они сохранились в позднейших списках (самый ранний – VIII века), и только две, относящиеся к версиям A и C, содержат иллюстрации. Версии различаются количеством и расположением глав, а также объемом и степенью развития аллегорического материала.
Версия B, датируемая примерно IV веком, содержит тридцать шесть глав. Равновесная двухчастная структура каждой главы претерпела здесь пропорциональные изменения – теперь натурфилософская часть довольно скудна, а дидактическая не только обычно больше по объему, но и, хотя является, очевидно, комментарием, играет главенствующую роль. В этой второй части, в свою очередь, почти неизменно присутствуют библейские цитаты и парафразы, как из Ветхого, так и из Нового Завета (больше всего из Псалтири и Евангелий от Матфея и Иоанна). Весьма близка этой версии независимая от нее версия A, появившаяся не позднее X века. Она также насчитывает тридцать шесть глав, но состав и порядок их другой.
Непосредственно от версии B происходит несколько версий, из которых наиболее значимой является версия B-Isidore, не позднее XII века, – в ней сохраняется тот же порядок глав и то же содержание, с незначительными расхождениями, но имеются выдержки из Этимологий Исидора, добавленные ко всем главам, кроме семи (любопытно, что в самих Этимологиях практически нет морализаторства). Хотя эти дополнения не включены в основной текст, а помещены в конце глав с соответствующими подзаголовками, предполагается, что это первое существенное изменение текста Физиолога (не считая сокращения). Другая важная производная версия – это Речения Златоуста, приписываемые Иоанну Златоусту (ок. 347—407), константинопольскому патриарху и еще одному возможному автору собственно Физиолога, но созданные, скорее, во Франции на рубеже первого и второго тысячелетий. В этом тексте насчитывается, как правило, двадцать семь глав только зоологического содержания.
За версией B хронологически следует, вероятно, несколько более поздняя версия Y, около IV—V веков. Она, однако, гораздо ближе первоначальной греческой версии – главы там в основном короче, особенно в части толкования (последнее также несколько различается), и библейских цитат в них меньше, самих же глав намного больше, почти столько же, сколько и в греческой версии –