В свою очередь, первую группу, к которой относятся научные труды Устюгова, можно разделить на две подгруппы, различающиеся по степени выраженности в них научных взглядов историка. К первой подгруппе относятся статьи Устюгова в Трудах Историко-архивного института, Материалах научной сессии, посвященной 400-летию присоединения Башкирии к Русскому государству, Ежегодниках по аграрной истории Восточной Европы и сборниках научных конференций. Характерной особенностью источников данной подгруппы является относительная слабость идеологического контроля при их подготовке, внешним проявлением которой служит отсутствие в них ссылок на труды классиков марксизма-ленинизма. Благодаря этому в источниках данной подгруппы нашли отражение взгляды Устюгова, выходившие за рамки официальной идеологии. К важнейшим источникам данной подгруппы относится статья «Увольнение крестьян в свободные хлебопашцы по духовному завещанию», написанная на основе позитивистской методологии. Также среди источников данной подгруппы следует выделить статьи Устюгова о колонизации Южного Зауралья, содержащие вывод о взаимной обусловленности правительственной и вольной колонизации[37].
Ко второй подгруппе относятся монографии, разделы в обобщающих трудах, статьи в периодических и продолжающихся изданиях, учебная литература. Характерной особенностью источников данной подгруппы является наличие длительного редактирования, включающего стилистическую, идеологическую и научную правку готовившихся текстов. Поэтому при работе с ними следует учитывать, что взгляды Устюгова предстают в них приспособленными к той идеологической ситуации, которая существовала в момент публикации данных трудов. Важнейшими источниками данной подгруппы являются монографии «Башкирское восстание 1737–1739 гг.», «Солеваренная промышленность Соли Камской в XVII в.», статьи «Башкирское восстание 1662–1664 гг.» и «К вопросу о социальном расслоении русской черносошной деревни XVII в». Данные работы содержат ключевые положения двух основных концепций, созданных Устюговым: «свободного вассалитета» башкир и раннего генезиса капитализма в России[38].
Характерной особенностью источников второй группы, в которую входят научные труды, отредактированные Устюговым, является сочетание в них взглядов Устюгова со взглядами других исследователей.