После начала Русско-японской войны он сменил на посту военного министра генерал-адъютанта А.Н. Куропаткина, направленного командовать Маньчжурской армией. В ноябре 1905 г. В.В. Сахаров застрелен в доме тогдашнего саратовского губернатора П.А. Столыпина членом партии левых эсеров террористкой А.А. Биценко (урожд. Камористой).
Последним начальником Главного штаба после В.В. Сахарова стал генерал-лейтенант П.А. Фролов. А в 1905 г. Главный штаб переподчинили Генеральному штабу в качестве его кадрового департамента, возложив на него обязанности по управлению казачьими войсками и Туркестанским военным округом. При штабе действовали также Высшая аттестационная комиссия и отдел, занимавшийся вопросами пенсионного обеспечения военнослужащих.
Структурно Главный штаб теперь являлся Главным управлением Генерального штаба. В период с июня 1905 по ноябрь 1917 г. в должности начальника этого подразделения Генерального штаба сменилось 10 генералов, т. е. начальники менялись чуть ли не каждый год. Вот их перечень:
06.1905-12.1908 г. – генерал от кавалерии Ф.Ф. Палицын;
12.1908- 03.1909 г. – генерал от кавалерии В.А. Сухомлинов;
03-09.1909 г. – генерал от инфантерии А.З. Мышлаевский;
09.1909- 02.1911 г. – генерал-лейтенант Е.А. Гернгросс;
02.1911-03.1914 г. – генерал от кавалерии Я.Г. Жилинский;
03-08.1914 г. – генерал от инфантерии Н.Н. Янушкевич;
08.1914-08.1916 г. – генерал-майор М.А. Беляев;
08.1916-05.1917 г. – генерал-лейтенант П.И. Аверьянов;
05-09.1917 г. – генерал-лейтенант И.П. Романовский;
09-11.1917 г. – генерал-майор В.В. Марушевский.
В мае 1918 г. в Советской России создан Всероссийский главный штаб. Его начальником назначили перешедшего на службу в Красную армию генерала Н.Н. Стогова. Позднее генерал участвовал в Белом движении и после его поражения эмигрировал. А Главный штаб просуществовал параллельно со Всероссийским главным штабом до января 1918 г., его последний начальник – генерал Н.М. Потапов, начавший сотрудничать с большевиками еще до их прихода к власти.
В восточном крыле здания Главного штаба поселилось Министерство иностранных дел. Угол этого крыла со стороны Мойки получился острым, за что оно тут же получило прозвище «утюг».
Министерство иностранных дел появилось в России в 1802 г. согласно указу Александра I, а первым министром иностранных дел император назначил графа А.Р. Воронцова, сына генерал-аншефа графа Р.И. Воронцова и брата Е.Р. Дашковой (в девичестве Воронцовой), известной сподвижницы Екатерины II. При этом до 1832 г. параллельно существовала и Коллегия иностранных дел, затем вошедшая в состав министерства.
Вид здания Главного штаба со стороны Мойки.Литография К.П. Беггрова по рис. В. С. Садовникова. 1830-е гг.
Будучи англоманом,