Однако обещанной революции не произошло. Другие воинские части выступление не поддержали: «Когда артиллеристы узнали, что крепостная пехота не хочет присоединиться к восстанию, их обуяла ярость (агитаторы говорили раньше, что солдаты крепостной пехоты ждут только сигнала к восстанию). Раздался крик «В ружье!» Солдаты крепостной артиллерии ринулись к палаткам, захватили винтовки и патроны, выбежали на шоссе и открыли пальбу по лагерям пехоты, находившимся на расстоянии 1–2 км. Стрельба продолжалась до тех пор, пока не иссякли патроны караульного запаса». После чего артиллеристы бросились бить офицеров, но к этому времени командиры и начальник крепостной артиллерии генерал Иванов успели бежать в Цитадель. Разочарованные солдаты сожгли помещение лагерного офицерского собрания и разгромили солдатскую лавку.
Наутро боевой пыл угас, отрезвевшие «повстанцы» поодиночке и мелкими группами начали перебегать в крепость. Оставшиеся в лагере 10 июля были окружены войсками и сдались без сопротивления, 700 участников выступления были арестованы. Их собрали в десятом форту, где в течение полутора месяцев велись допросы. Большинство солдат было отпущено. Суду подверглось 32 человека, из которых пятерых оправдали, остальных приговорили к каторжным работам и отправили в арестантские роты.
По окончании русско-японской войны с Дальнего Востока в район Брест-Литовска прибыла 38-я пехотная дивизия, ранее дислоцировавшаяся в Закавказье.
К инженерному обеспечению западной границы обратились вновь в 1907 г., когда наряду с вопросами модернизации либо упразднения уже существующих крепостей возникла концепция создания новой крепости в Гродно, стратегическое значение которой вытекало из ее флангового положения относительно направления движения вероятного противника на Брест-Литовск. Разрабатывались новые проекты фортов, из которых к реализации были рекомендованы три: генералов Величко, Буйницкого и полковника Малкова-Панина. Общим в этих проектах, разосланных Главным инженерным управлением во все крепости в качестве руководства, была заложенная в них возможность поэтапного развития форта, что позволяло строить укрепления в течение нескольких сезонов по мере поступления денежных средств при сохранении определенного уровня обороноспособности.
В 1909 г. под руководством военного министра генерала В.А. Сухомлинова был составлен новый план дислокации войск и стратегического развертывания армий на случай войны, так называемое «19-е расписание». В связи с этим встал вопрос и об использовании крепостей. Предложено было упразднить Варшавский укрепленный район и Ивангород, оставив лишь крепость Новогеоргиевск, а рубеж стратегического развертывания перенести вглубь страны на линию модернизированной крепости Ковно, Брест-Литовска, вновь построенной крепости Гродно. Среди ряда мероприятий предусматривалось усовершенствование Брест-Литовской крепости путем