Утром 15 сентября, после массированной артиллерийской и авиационной подготовки, подразделения 10-й танковой и 20-й моторизованной дивизий пошли на штурм. Защитники крепости оказали упорное сопротивление. Бой, во многих местах переходивший в рукопашные схватки, продолжался весь день. Во время огневых налетов и воздушных бомбардировок защитники укреплений, оставив наблюдателей, уходили в казематы, когда наступала тишина – занимали окопы. Наступление немцев захлебнулось на гребне крепостных валов. Генерал Гудериан вновь перешел к систематическим авиационным и артиллерийским ударам, которые наносили невосполнимый урон защитникам крепости. Раненых польских солдат по мосту через Буг относили в госпиталь на Южном острове, часть из них эвакуировали в Тересполь.
Около 10 часов утра 16 сентября штурмовые отряды 10-й танковой и 20-й мотодивизии силами двух пехотных батальонов при поддержке танков и артиллерии начали решительное наступление на линию польской обороны. Германская пехота поднялась на гребень валов, но атака вновь захлебнулась, так как солдаты не выполнили приказа наступать непосредственно за огневым валом. Особенно ожесточенное сражение развернулось в районе Северных ворот, где защищался маршевый батальон 82-го пехотного полка капитана Вацлава Радзишевского при поддержке нескольких орудий 49-го дивизиона. Обеспокоенный Гудериан прибыл к месту событий, но и в его присутствии пехота не добилась успеха и отступила с тяжелыми потерями. Выстрелом польского снайпера был смертельно ранен адъютант командующего корпусом подполковник Браубах. В ожесточенном двухдневном сражении только 69-й полк 20-й мотодивизии потерял 127 человек убитыми, 7 утонувшими и 237 ранеными.
Однако положение защитников становилось безнадежным. Группировка «Брест» была на грани уничтожения, потери убитыми и ранеными составляли 40 процентов, заканчивались снаряды и гранаты, помощи не было. Горели казармы, многие укрепления были превращены в руины. На отдельных участках немцам удалось зацепиться за крепостные валы и вынудить польские подразделения отступить в Цитадель. Генерал Плисовский, получивший осколочное ранение, к этому времени утратил связь с командованием в Пинске и не имел никакой информации о положении на фронте и ситуации в стране. Между тем Варшава уже была полностью блокирована. Группа армий «Юг» соединилась в районе Влодавы с группой армий «Север», замкнув кольцо окружения вокруг основных сил польской армии. Общее руководство военными действиями практически отсутствовало. Всего этого в крепости не знали. Было лишь