В 1685 г. полк Ф. Лефорта в составе корпуса Патрика Гордона был отправлен на Украину и принял участие в ряде стычек с крымскими татарами. Вскоре женевец был переведен в корпус генерала В. А. Змеева, где он командовал батальоном. В апреле 1686 г. Россия заключила Вечный мир с Польшей на условии возобновления военных действий против Турции и Крымского ханства. Главнокомандующим русской армией был назначен благоволивший Лефорту князь Василий Васильевич Голицын. В 1689 году после Крымских походов он был произведен в полковники.
Благоволивший иностранцам, молодой царь Петр с начала девяностых годов зачастил в Немецкую слободу. Петра привлекал там невиданный в России уклад общественной и семейной жизни, где женщины пользовались равными правами с мужчинами, были образованны и не сидели взаперти, а дети обучались в школах специально приглашенными из германских земель преподавателями.
Здесь постоянно устраивались музыкальные и театральные представления, танцы, маскарады, в которых участвовали представители всех поколений. Такой жизни молодой Петр, живший в Кремле еще не видел, и в эту атмосферу царь погрузился с головой. Одним из путеводителей его на пути знакомства с западным укладом стал 35 летний женевец Франц Яковлевич Лефорт.
Франц Лефорт. Гравюра 17 века. Художник Г. Афанасьев.
Первое посещение Царем дома Лефорта относится к 3 сентября 1690 г. С тех пор Петр часто оставался у него с обеда до вечера, а иногда и ночевал. В 1691 г. Лефорт прочно занял место царского любимца. Лефорт называл его теперь не иначе, как «notre grand empreur» – «наш великий император», что очень льстило Перу. По случаю рождения царевича Алексея Петровича женевец был произведен в генерал-майоры,