Восстание 1863–1864 гг. показало, что многие преподаватели-католики не были лояльны к российскому правительству. В течение 1864 г. И.П. Корнилов уволил практически всех учителей-поляков, выплатив им жалованье за год вперед. Был закрыт и Виленский дворянский институт, готовивший преподавателей польского языка. Русским же преподавателям и немцам-остзейцам, прибывшим в округ, в феврале 1864 г. правительство предоставило ряд серьезных льгот. Так, они получали 50 % надбавки к окладу, двойные прогоны, подъемные, ускоренную выслугу. В результате введения этих льгот на 80 вакансий в гимназиях и уездных училищах к осени 1864 г. было подано 360 прошений. Кроме того, М.Н. Муравьев предложил создать в округе «русский» университет, где все преподаватели и подавляющее большинство студентов были бы православными. Однако Министерство народного просвещения предложило иной план по русификации средних учебных заведений округа. В 1863–1864 гг. в университетах страны было создано 60 новых педагогических стипендий для Виленского учебного округа. Воспользоваться ими могли только православные уроженцы края и русские либо немцы-остзейцы. За пользование стипендией (300 руб. в год) полагалось отработать шесть лет в гимназиях округа. Именно этот вариант был одобрен Александром II, и стипендиаты Виленского учебного округа стали до начала ХХ в. основным источником кадров для средних заведений округа. К 80-м гг. XIX в. Виленский учебный округ занял третье место в России по числу работавших в средних учебных заведениях выпускников столичных университетов100.
Виленскую гимназию не раз посещали высокопоставленные лица. Так, в августе 1838 г. ее посетил министр народного просвещения, граф С.С. Уваров. Это событие было записано в протоколах заседания Совета «для всегдашнего