В период немецкой оккупации Одессы в 1918 году на базе Сергиевское училище гетманское правительство Украины пыталось организовать Одесскую артиллерийскую школу. Несколько офицеров из состава старого училища остались при закрытом училище и их усилиями была сохранена основная часть учебных пособий и имущества училища.
15 октября 1919 года приказом № 2576 главнокомандующего Вооруженными силами Юга России генерала А.И. Деникина Сергиевское артиллерийское училище было восстановлено, а генерал-майор А.А. Нилус вновь был назначен начальником училища. В училище также были назначены: командиром дивизиона – полковник Н.А. Казьмин (Козьмин), командиром 1-й батареи капитан В.Л. Краевский, командиром 2-й батареи капитан В.Н. Мамушин, курсовыми офицерами: 1-го отделения капитан К.А. Горунович, 2-го – капитан Г.А. Георгиевский, 3-го – капитан А.С. Олехнович, 4-го – капитан Лукьянский. Примерно половина курсовых офицеров и преподавателей были из прежнего состава училища. Среди них были: полковники П.М. Васильев, Л.П. Круссер, Самарский и Беляев, капитаны Корытин, Жовнер, В. Жагмен, Сомов. Инструктором верховой езды был капитан К.Ф. Гавликовский, адъютантом училища капитан О.М. Арнольд. Училищным священником был академик богословия, бывший корабельный священник и настоятель Свято Николаевского храма, отец Феодор Мильяновский. В это время училище комплектовалось юнкерами, вольноопределяющимися и добровольцами находящихся в частях Добровольческой армии, а также кадетами старших классов Одесского кадетского корпуса. Вскоре в училище были влиты слушатели Армавирской артиллерийской учебно-подготовительной школы14.
В ноябре 1919 года 13-й ускоренный курс двухбатарейного состава приступил к занятиям. Подготовка юнкеров осуществлялась по программе полевой артиллерии. Кроме учебы юнкера несли гарнизонную службу в караулах по охране и поддержанию порядка в городе.
В конце январе 1920 года, в связи с наступлением Красной Армии, началась эвакуация морем из Одессы частей Добровольческой армии и гражданского населения. 50 офицеров и 400 юнкеров училища, в составе двух батальонов распределенных по трем заставам, прикрывали посадку войск на корабли и последними из частей сдерживали части Красной Армии в непосредственной близости от морского порта.
Бывший юнкер В. Дюкин 2-й в своих воспоминаниях об учебе в Сергиевском артиллерийском училище достаточно подробно описывает весь трагизм событий того времени: «В громадном Одесском порту шла лихорадочная эвакуация, затруднявшаяся наплывом беженцев. Эвакуировались госпиталя, военные материалы, спасалось все, что возможно было спасти. По ночам порядок в городе и в порту часто нарушался подозрительными личностями, бандитами… Для восстановления порядка требовалось принятие решительных мер.
Поэтому