Штурм обошелся республиканской армии в 1000 человек убитыми и ранеными. Под Наполеоном была убита лошадь выстрелом с батареи Малого Гибралтара. Накануне атаки он был сброшен на землю и расшибся. Утром он получил от английского канонира легкую колотую рану в икру. Генерал Лаборд и капитан Мюирон были тяжело ранены. Потери врага убитыми и ранеными достигали 2500 человек.
Наметив огневые позиции для батарей и отдав все приказания, необходимые для парка, Наполеон отправился на батарею Конвента с целью атаковать форт Мальбоске. Он заявил генералам: «Завтра или самое позднее послезавтра вы будете ужинать в Тулоне». Это тотчас же сделалось предметом обсуждения. Некоторые надеялись, что так и будет, большая же часть на это не рассчитывала, хотя все гордились одержанной победой. Английский адмирал, узнав о взятии Малого Гибралтара, тотчас же послал приказание удержать форты Эгильетт и Балагье для того, чтобы дать возможность подкреплениям, которые он сейчас же вышлет из города, высадиться на берег и отбить Малый Гибралтар, так как от этого зависит безопасность его якорной стоянки. С этой целью адмирал отправился в Тулон и потребовал, чтобы для взятия этого форта было высажено 6000 человек. В случае, если они не смогут отбить его, они должны окопаться на обоих холмах выше Балагье и Эгильетта, чтобы выиграть 8–10 дней, по истечении которых ожидались подкрепления. Но когда в полдень ему дали знать сигналами, что трехцветное знамя уже развевается на батареях и союзные войска снова погрузились на суда, адмиралом овладел страх оказаться запертым на рейдах. Он приказал эскадре сняться с якоря, поднять паруса, выйти с рейдов и крейсировать вне досягаемости пушечных выстрелов с берега. Тем временем был созван военный совет. Протоколы его попали в руки Дюгоммье, сравнившего их с протоколами французского военного совета в Олиуле 15 октября. Дюгоммье нашел, что Наполеон все предвидел заранее. Старый и отважный генерал с удовольствием об этом рассказывал. В самом деле, в этих протоколах говорилось, что «совет спросил у артиллерийских и инженерных офицеров, имеется ли на большом и малом рейдах такой пункт, где могла бы стать эскадра, не подвергаясь опасности от бомб и каленых ядер с батарей Эгильетт и Балагье; офицеры обоих родов оружия ответили, что не имеется. В случае, если эскадра покинет Тулон, сколько следует ей оставить в нем гарнизона? Сколько времени сможет он держаться? Ответ: нужно 18 000 человек; держаться они смогут самое большее 40 дней, если будет продовольствие. Третий вопрос: не соответствует ли интересам союзников немедленно очистить город, предав огню все, чего нельзя захватить с собой? Военный совет единодушно настаивает на оставлении города: у гарнизона, который можно оставить в Тулоне, не будет возможности отступить и ему нельзя будет более посылать подкреплений, он будет ощущать недостаток в необходимых припасах. Сверх того, двумя неделями раньше или позже он принужден будет капитулировать и тогда его заставят сдать невредимыми