По окончании большого Ливонского похода Шуйский возвращается во Псков, на воеводство, где и пробудет до начала правления Федора Ивановича.
1578 г. положил предел удачам Московского государства в Ливонии. Кесь пришлось отдать неприятелю, а при попытке вернуть город русское войско было разгромлено.
С 1579 г. над западными землями России нависает мрачная тень польского короля Стефана Батория. На протяжении нескольких лет он вторгается с огромными наемными армиями на нашу территорию и берет один за другим наши города. В руки поляков попадают Полоцк, Великие Луки, Заволочье, а также несколько других менее значительных крепостей. Кажется, никто не способен остановить грозного противника. Он дерзко вызывает на бой самого Ивана IV. Стремительные отряды поляков наносят нашим ратям поражение за поражением. Вот они уже в Тверской земле, и сам царь из своей резиденции в Старице видит полыхающие в отдалении пожары. По натуре своей Баторий – государь-кондотьер. Он знает толк в военном деле, он решителен, свиреп, энергичен, талантлив. У польской шляхты воинственный Баторий пользуется популярностью. Король располагает достаточными средствами, чтобы восполнять потери, которые несут корпуса вторжения в боях с русскими гарнизонами. А Россия уже разорена вконец долгой кровопролитной войной, эпидемиями, опричными репрессиями. Крестьяне, обнищав, разбегаются от государева тягла в места дикие и отдаленные. Помещики скрываются «в нетях» от царских приставов, набирающих новые полки.
Московское государство находится на грани стратегической военной катастрофы.
У Пскова то и дело концентрируется русское войско для нанесения контрудара по Баторию, для помощи осажденному Полоцку. Однажды полки во главе с князем Шуйским выдвигаются к псковскому «пригороду» Порхову. Он готов в любой момент сцепиться с Баторием. Но до решающего сражения дело не доходит. Высшее русское командование, включая и самого царя, проявляет робость и нерешительность. В XVI столетии, говоря о бое лицом к лицу с неприятелем, называли его «прямым делом». Так вот, выйти на «прямое дело» с громадой польско-литовских сил Иван Грозный не решался. Более того, он не отдавал такого приказа своим военачальникам. И, вероятно, не напрасно государь больше уповал на крепость стен, нежели на искусство воевод и отвагу воинов. Во-первых, к тому времени у России для отпора осталось не столь уж много сил: еще одна разгромленная армия могла означать худшее – без защиты осталась бы сама русская столица. Во-вторых, войска пали духом и утратили стойкость, присущую им еще несколько лет