Летом по возвращении Феофан и Вениамин пригласили к себе Распутина во второй раз. До них дошли слухи о непристойном поведении Распутина, и на сей раз они обвинили его в «духовном заблуждении». Более всего внимание Феофана привлекли рассказы о том, что Распутин якобы учит своих последовательниц не исповедоваться в грехе супружеской измены, говоря, что их не поймут, и от этого им будут только неприятности. «Феофан – простец, – якобы говорил женщинам Распутин, – и не поймет этих таинств, осудит их, тем самым осудит Святого Духа и совершит смертный грех»12. Феофан и Вениамин сказали Распутину, что у него остался последний шанс изменить свое поведение, иначе они прекратят с ним всякие связи, публично отрекутся от него и сообщат обо всем царю. Позже в прессе сообщалось (по-видимому, со значительным преувеличением), что Феофан сказал Распутину: «Не приближайся ко мне, сатана, ибо ты не блаженный, но обманщик»13. Пораженный Распутин, по словам Феофана, упал наземь и заплакал. Он признался, что совершал ошибки, и обещал измениться, отречься от мира и подчиниться власти Феофана. Удовлетворенные подобной реакцией, Феофан и Вениамин предложили Распутину помолиться с ними.
Но вскоре Феофан узнал, что Распутин и не думал отрекаться от мира или менять свое поведение. Ему сообщили, что Распутин предпринял меры, чтобы защититься от него, поэтому Феофан решил напрямую поговорить с царем. Но когда он прибыл во дворец, встретил его не царь, а Александра с Вырубовой. Феофан беседовал с ними около часа, пытаясь доказать императрице, что Распутин пребывает в духовном заблуждении. Александра его не слушала, твердила, что все это ложь и клевета. Феофан был убежден, что Распутин предупредил императрицу, и она была готова к этому разговору. После этого Феофан встречался с Распутиным лишь однажды и только для того, чтобы назвать его обманщиком прямо в лицо. Распутин написал ему письмо, в котором просил прощения и стремился к примирению, но Феофан ему не ответил.
По-видимому, этим летом Феофан поделился своими соображениями с Антонием (Вадковским), Санкт-Петербургским митрополитом и одним из влиятельнейших служителей Церкви. В августе Антоний, убежденный в том, что тревоги Феофана обоснованны, начал видеть в Распутине проявление нездорового увлечения высшего общества мистицизмом. То же отношение разделял новый глава Синода Сергей Лукьянов (18 февраля 1909 года). Николай и Александра были недовольны назначением