Юг Италии, как и большая часть севера, был потерян для республиканцев. В скором времени отряды коалиции вступили также и в Рим. В руках французов оставался только клочок побережья в районе Генуи. Здесь собрались все остатки республиканских войск. Сюда Директория прислала нового командующего. Это был молодой, талантливый и отважный генерал Жубер. Он отличился в Итальянском походе Бонапарта и слыл одним из лучших его помощников. Перед отправлением в Италию он женился на молодой красавице и, выезжая в поход, пообещал своей жене вернуться с победой. Едва прибыв к армии, Жубер, горя нетерпением превзойти подвиги Бонапарта, сконцентрировал войска и сразу двинул их в наступление. Жуберу удалось собрать примерно 35 тыс. солдат. Перед ним было 52 тыс. русских и австрийцев, но молодой полководец не раздумывал. И 15 августа 1799 г. у местечка Нови он принял неравный бой. Едва только загремели первые выстрелы, как он оказался в первых рядах, и пуля тирольского стрелка сразила его, попав в самое сердце. Командование принял Моро. Несмотря на гибель своего полководца и численное превосходство союзников, французы дрались с бешеной отвагой. Но с противоположной стороны было не меньше упорства и ярости. В конечном итоге численное превосходство сыграло свою роль. Французская армия была разгромлена и вынуждена была откатиться в Генуэзскую Ривьеру.
Таким образом, в то время как на Рейне эрцгерцог Карл, несмотря на серьезный численный перевес своих войск, не сумел воспользоваться плодами своих первых успехов, в Италии всего лишь за пять месяцев были разгромлены все французские армии, и коалиция господствовала отныне на всем полуострове. Нужно сказать, что в успехах русско-австрийских войск под командованием Суворова немалую роль сыграл и политический фактор. Разделяя идеи императора Павла в этом вопросе, Суворов вел войну не во имя достижения материальных выгод, а прежде всего войну идеологическую. Главной задачей он видел восстановление попранных тронов и алтарей и борьбу с влиянием идей Великой французской революции. Это можно было сделать только при условии, что союзники будут вести войну бескорыстную, отличную от той кровавой бойни, которую устроили роялисты в Неаполе. Суворов стремился поддерживать в своих войсках строгую дисциплину и привлечь на свою сторону население итальянских государств не диким террором, а наоборот – демонстративным уважением к правам и обычаям местного населения. При въезде в Милан в воскресенье 29 апреля 1799 г., в день, который совпал с праздником Пасхи, русский полководец, подойдя к архиепископу, поцеловав руку священника, сказал: «Я прислан восстановить древний престол папский и привести народ в послушание монарху его. Помогите мне в святом деле».
«Вооружитесь, народы италийские! Стремитесь к соединению под знамена, несомые на брань за Бога и веру, – писал Суворов в обращении к итальянскому народу. – Не обременили ли вас правители Франции безмерными