В некоторой степени дефицит покрывался в Индии, где тиковый лес, произраставший на западном побережье, шел на верфи в Гоа. Из его прочной водостойкой древесины строились в XVI–XVII вв. отдельные большие каракки и галеоны. Корабельные плотники на королевских верфях в Лиссабоне и Порту строили очень хорошие суда, которые вызывали восхищение у европейцев. Однако эти большие корабли были тихоходны, строительство их обходилось дорого, замену им было найти трудно. Индия, Малайя и Китай обеспечивали поставки древесины в неограниченном количестве для строительства небольших каботажных судов. Это были галиоты, фрегаты и подобные им парусные и гребные суда, которые можно было легко заменить, если они выходили из строя. Но опять давала себя знать проблема нехватки людей. В итоге на португальские суда, участвовавшие в морской торговле в Азии, начали набирать команды из местных моряков – так повелось со времен Албукерки, – офицерами же были португальцы или мулаты. Даже огромные каракки, водоизмещением от 1 до 2 тысяч тонн, которые плавали между Гоа, Макао и Нагасаки, имели команды, полностью укомплектованные из негров-рабов и азиатов, за исключением корабельных офицеров и 15–20 португальских солдат и канониров. На португальских кораблях, которые плавали между портами Индийского океана, капитан иногда был единственным на борту белым человеком. Даже лоцманами и боцманами, а зачастую и моряками, часто были мусульмане из Гуджарата. Еще в 1539 г., когда португальский полководец Жуан ди Каштру снаряжал экспедицию в Красное море, он столкнулся с тем, что никто из португальских лоцманов не был знаком с Баб-эль-Мандебским проливом и даже не имел надежных лоций этого района. Ему пришлось положиться на «арабских, гуджаратских и малабарских лоцманов», у которых были свои карты этого места.
Понятно, что португальцы господствовали в морях, находившихся в непосредственной близости от их главных баз – Гоа, Диу, Ормуза, Малакки и Мозамбика. Но, несмотря на это, владычество их на море имело доставшуюся по наследству непрочную основу, что показал оглушительный успех набега двух слабых турецких флотилий в 1551–1552 и в 1585–1586 гг. В первом случае турецкий адмирал Пири Рейс, выйдя с 23 галерами из Красного моря, сначала разграбил Маскат, а затем осаждал в течение нескольких недель португальскую крепость в Ормузе, несмотря на то что его силы, по сохранившимся сообщениям, были значительно меньшими, чем у осажденных. Во втором случае авантюрист по имени Мир Али-бей всего с одним кораблем, имевшим несколько орудий, изгнал португальцев со всего побережья суахили, за исключением Малинди, захватив 20 португальских судов и большое количество различной добычи. В противоположной части Индийского океана яванский и ачехский флоты часто устраивали блокаду Малакки. Малайцам на гребных судах иногда сопутствовал успех в сражениях