Запорожці не відразу повністю усвідомили всю загрозу своїй «вольності», що походила від нової фортеці. Упродовж літа вони тільки ремствували, а в вересні вже «в безумии своем кричали» на воєводу Г. І. Косагова через будівництво міста204. Мазепа не без зловтіхи писав: «…учинив к Самаре поспешение прилежнім поспехом тот город сделали что запорожці и осмотретца не могли». Тепер Новобогородицьке місто вже досягло своєї досконалості205. У жовтні за докладно розробленим Мазепою планом компанійський полковник І. Новицький здійснив вдалий похід на Очаків206.
Досить цікаво відзначити, що Голіцин не нагородив Мазепу за ці успішні й своєчасні дії. Або він вважав їх простим виконанням своїх обов’язків, або хотів усі заслуги на південному фронті приписати виключно собі.
Однак протистояння гетьмана із запорожцями тривало і поглиблювалося. Показовим є факт, що коли підготували донос на гетьмана, донощики збиралися, якщо їх не нагородять у Москві, йти до Запорожжя, де «за теж басни сорные» розраховували від отамана кошового і від Війська Низового отримати «особную милость»207. Невдоволені політикою гетьмана запорожці звинувачували його в усіх смертних гріхах, зокрема, ніби їм не були віддані всі гроші, що їм належали.
Ситуація загострилася напередодні підготовки нового Кримського походу. Мазепа побоювався з боку запорожців якого-небудь «шкідництва» і не вважав, що вони зможуть надати допомогу в поході208. Напередодні виступу їм були вислані до Дикого Поля сотники для підпалу сухих трав. Запорожці їх перехопили, палити траву не дали, а сотників «узяли за караул»209. Мазепа із цього приводу писав Голіцину: «Запорожских казаков безумству дивлюся», що вони монаршу милість і його дружбу забули, посланцям його в їх справі чинили перешкоди, і «хульные многие слова говорили»210. Посланця гетьмана на Запорожжі зустріли недружньо, він вислухав багато (за виразом Мазепи) «враки, и плутовские слова», а на раді запорожці взагалі ухвалили помиритися з татарами211. У своїх листах до Мазепи вони в’їдливо запитували, чи збираються йти війська на війну або «для будови міст», натякаючи на спорудження Новобогородицької фортеці, що применшувала їх «вольності». Мазепа відповідав на це, що такими «сорными словами «…вам… уши набивают какие-то легкомысленные и неспокойные головы212. Його дещо упереджене ставлення до запорожців повністю виправдалося. В середині липня 1689 року Мазепа повідомляв Голіцину, що в Січ прибув