Карты наук, построенные с использованием количественных критериев и формальных алгоритмов, как считается, отражают «естественную» картину современной науки во всем многообразии ее областей и направлений, а также связей между ними. Картину, которая во многих отношениях не совпадет с картиной дисциплинарно институционализированного деления наук. И в этом смысле современная наука уже определенно является междисциплинарной, естественным образом разрешая проблему ее растущей сегментации.
Развитие исследований междисциплинарной интеграции науки среди прочего сталкивается с проблемой различия и анализа качеств и видов этой интеграции. Описанная выше проблематика в основном относится к интеграции наук традиционного цикла, имеющих к тому же опыт определенного сосуществования и взаимодействия. Между тем постоянно растущий фронт современной науки и его увеличивающиеся сегментация на все новые элементы и направления осложняют и обостряют проблему взаимодействия и кооперации между его частями. В исследовании междисциплинарных связей это ведет к выделению связей «близкого» и «дальнего» типов, характеризующих степень различия между взаимодействующими дисциплинами в общем пространстве науки. Интуитивно понятно, что междисциплинарное взаимодействие между, например, химией и биологией происходит иначе, чем между химией и социологией, что в блоке естественных наук оно протекает не так, как между естествознанием и обществознанием и т.д. Круг этих вопросов вызвал необходимость выделения в междисциплинарной интеграции взаимодействий особого типа, способных к охвату и интеграции всего многообразного поля современных наук, что выразилось во введении понятия «трансдисциплинарность» [Jantsch, 1972; Balsiger, 2005; Князева, 2004].
Это понятие трактуется