На второй, организационной стадии (1991–1999) фиксируется процесс институционализации радикальных группировок. Именно в этот период времени начиная с 1997 г. на «ваххабитов» обрушивается волна репрессий, что стало побудительной причиной переселения («хиджры») в 1998 г. наиболее решительно настроенных салафитов во главе с их идейным лидером Магомедом Кизилюртовским из Дагестана в Чечню, где в селении Урус-Мартан стал функционировать их центр. Там произошла полная консолидация дагестанских и чеченских «ваххабитов», причем влияние на этот процесс со стороны зарубежных экстремистов, особенно арабских, в тот период было беспрецедентным.
Третья, насильственная стадия (1999) началась с призыва к «джихаду», однобоко понимаемому как ведение вооруженной борьбы с «врагами ислама», и заключалась в борьбе за установление исламского порядка, насильственного захвата власти в Дагестане. В этой республике на волне вооруженного противодействия бандам, вторгшимся с территории Чечни, 16 сентября 1999 г. принимается Закон «О запрете ваххабизма и иной экстремистской деятельности на территории Республики Дагестан». Согласно этому закону все «ваххабиты» были фактически приравнены к экстремистам и террористам и поставлены вне закона. Между тем упомянутый закон был принят поспешно, на волне глубокого народного возмущения вторжением боевиков со стороны Чечни.
На четвертой стадии (с начала 2000-х по настоящее время) исламистские радикальные группировки, потерпев поражение в открытой борьбе, ушли в подполье, и перешли к терактам в отношении представителей государственных и муниципальных органов власти и управления, правоохранительных органов, простых граждан.
Вместе с тем следует подчеркнуть, что, вопреки устоявшемуся мнению, фундаменталистские группировки на Северном Кавказе появились еще в 70-е годы XX в. в виде небольших по формату подпольных групп единоверцев, сложившихся в Дагестане, а их основателем был М. Кебедов (Мухаммед Кизилюртовский). В конце 80-х – начале 90-х годов на гребне горбачёвской «перестройки» они, выйдя из подполья, под мощным воздействием извне, стали активно развиваться. Этот процесс был резко усилен в ходе первой чеченской кампании (1994–1996), вследствие участия на стороне бандформирований многочисленной прослойки зарубежных «моджахедов», а также отдельных радикально настроенных представителей других северокавказских республик. В период «чеченского межсезонья» (1996–1999) фундаментализм фактически прошел институционализацию на территории непризнанной Чеченской Республики Ичкерия. В ходе второй чеченской кампании произошел процесс «растекания» салафийи на всем северо-кавказском пространстве, предопределив последующий сложный ход политического