Определенные противоречия возникли между президентом и премьер-министром по вопросу реформирования налоговой системы. В частности, Виктор Андреевич не хотел, в отличие от Юлии Владимировны, упразднять НДС.
Уже во второй половине марта 2005 года президент в интервью российской газете «КоммерсантЪ» неожиданно для всех заявляет, что Юлия Тимошенко, его ближайшая соратница, «Жанна д’Арк Майдана», буквально «провалила» выборы в проблемных для В. Ющенко восточных областях Украины. «Я сразу ей сказал, что по тем областям, которые она брала на себя в предвыборную кампанию, начиная с Луганска и Донецка, я имею очень скромную оценку ее достижений»,– сказал президент. На вопрос «Коммерсанта», не испытывает ли за это Виктор Ющенко обиды к Юлии Тимошенко, тот ответил: «Может быть. Это сложный разговор…» Тому же «Коммерсанту» Виктор Ющенко сообщил, что, во время предвыборной кампании никому ничего не обещал, а потому заранее Юлия Тимошенко вообще ни на что не могла рассчитывать. И тут же «уточнил», что некоторые договоренности все же существовали.
По поводу публикации в «Коммерсанте» Ю. Тимошенко вынуждена была давать пояснения в прямом эфире телекомпании «1+1», говоря о том, что все ее усилия во время оранжевой «революции» были сосредоточены на столичном Майдане, а потому на второе место ушла деятельность в регионах.
Вот как эти события комментировал Виктор Ющенко 21 декабря 2008 года в интервью телеканалу Интер, одновременно давая характеристики своей соратнице Юлии Тимошенко: «Это авантюрист в политике, который будет топить всех. Потому что ей нужно одно – власть. Безграничная. Сегодня проблема не в моих отношениях с этой леди. Она объявила оппозицию нации, она объявила оппозицию государству».
«Я вспоминаю 2005 год, когда в турах – и на правобережной, и на левобережной Украине – всегда мне задавали один и тот же вопрос: «Виктор Андреевич, почему эта воровка возле вас? Что вас заставило позволить стать возле себя Тимошенко?». Мой клич был один: давайте сейчас не будем делать самосуд над этой фигурой, давайте не будем думать, почему она ворует газ, почему она ворует бюджет… Есть только суд. И стояла она за спиной у меня на Майдане не из-за борьбы за украинские идеалы. Она стояла за себя. И не было такого дня, чтобы она стояла за народ, за Украину»,– подвел итог президент. Не напоминая, конечно, телезрителям, что кандидатуру «воровки» он сам дважды поддержал при назначении Ю.Тимошенко на должность премьер-министра. О том, что «есть только суд», речь при этом, естественно, и вовсе не шла.
В марта 2005 года в Киеве разгорелся скандал «СБУ против СНБО». Он начался с того,