На режим водохранилища и его рыбные запасы сильное влияние оказывает Конаковская ГРЭС, которая забирает воду для охлаждения теплообменников, а затем сбрасывает теплые воды в Мошковский залив. В водозаборе ГРЭС гибнет много молоди ценных видов рыб.
Нерестилища основных видов рыб располагаются в мелководных, хорошо прогреваемых, зарастающих заливах (Мошковский, Федоровский, Бревновский, Коровинский, Новоселовский, Омятня). Щука и язь нерестятся в середине – конце апреля, лещ в начале – середине мая, судак – в середине – конце мая.
Из-за мелководья прибрежной зоны летом ловля рыбы у берегов водохранилища непривлекательна. Лишь местами, там, где затопленное русло Волги подходит к берегу или около мест расположения дамб, причалов, а также у склонов залитых оврагов и ложбин. Здесь можно подыскать удобное местечко для береговой ловли поплавочными или донными удочками. Поэтому летом, как правило, успешнее идет ужение рыбы с лодок. Зимой море становится доступным повсеместно. На нем нет такого уголка, куда не проникали бы рыболовы.
Выбирая место для рыбалки, необходимо помнить, что Иваньковское водохранилище является регулируемым, и уровень воды, особенно в зимнее время, меняется. А изменение уровня неизбежно вызывает и значительные перемещения рыбы. Поэтому на Московском море рыболов должен менять места ужения, сообразуясь с конкретной обстановкой. Следует помнить, что весной рыба охотнее держится на мелководных местах, хорошо прогреваемых солнцем. В заливах плеса, где раньше появляется водная растительность, служащая пищей и убежищем для рыбьей молоди, происходит нерест большинства рыб.
Летом в жаркий период и во время «цветения воды» на мелководье ощущается недостаток кислорода, вода приобретает гнилостный запах и неприятный вкус. Поэтому рыба в это время покидает мелководные места и уходит в более глубокие участки плеса с лучшими кислородными условиями или передвигается в районы с большей проточностью.
Зимой, по мере спада воды в Московском море, рыба уходит с поливов и приближается к руслам затопленных рек и речек. Особенно сильные заморы возникают при спаде воды на Шошинском плесе. Происходит это потому, что в верхней части плеса находятся заливные луговые озера, где растут водоросли, поглощающие при своем отмирании кислород. Большинство этих озер связано канавами с руслом затопленной реки Шоши. При резком понижении уровня огромное количество лишенной кислорода воды поступает в русло Шоши и губит все живое.
Особенно сильно сказывается влияние Шоши в маловодные годы. Почти каждый год в феврале – марте начинается замор. В это время рыба подходит к устьям ручьев с богатым кислородом водой, к плотине ГЭС и насосной станции канала имени Москвы, скатывается через турбины ГЭС в Угличское