История с мятежом сделала Блая знаменитым. Уже в июне 1790 года выходит его книга «Рассказ о мятеже на „Баунти“». А спустя год, успев прослужить капитаном на двух небольших судах, Блай получает приказ отправиться во вторую экспедицию за хлебным деревом.
С 1791 по 1793 год руководит второй экспедицией за хлебным деревом на кораблях «Провиденс» и «Ассистант». После успешного выполнения миссии (саженцы благополучно доставлены с о. Таити на Ямайку и Сент-Винсент) Блай получает щедрое денежное вознаграждение от Комитета Плантаторов Вест-Индии и становится членом Королевского Общества (Британской академии наук).
В 1795 году он по заданию Адмиралтейства руководит переоборудованием старого торгового судна «Уорли» в боевой крейсер «Калькутта». В том же году его семью постигает горе: его единственные сыновья, новорожденные близнецы Уильям и Генри, умирают, не прожив и 24 часов.
В начале 1796 года Блай становится командиром Его Величества Судна «Директор», 64-пушечного военного корабля. 19 мая 1797 года команда «Директора» присоединяется к самой массовой забастовке в истории флота – так называемому «Великому Мятежу в Норе» – и отправляет капитана Блая на берег.
После подавления мятежа Блай вновь возглавил «Директор», с которым в октябре того же 1797 года участвовал в битве с голландцами у Кампердауна. В сентябре 1800 года Блай приглашен в Дублин, где в течение трех месяцев он проводит исследование дна и обмеры глубин Дублинского залива. В 1801 году – битва с датчанами у Копенгагена (54-пушечный корабль «Глаттон»), после которой Блай заслужил похвалу самого адмирала Нельсона. 1804 год отмечен тем, что Блай в качестве командира военного судна «Уорриор» предстал перед трибуналом «за тираническое и репрессивное поведение» и «оскорбительную речь» и получил выговор.
На следующий год Блай в 51-летнем возрасте был назначен губернатором провинции Новый Южный Уэльс (Австралия). 26 января 1808 года против Блая вспыхнул очередной мятеж, вошедший в историю как «ромовый бунт»: восставшие офицеры сместили Блая и заключили его под домашний арест.
Спустя два года, в 1810 году, после прибытия нового губернатора, Блай вернулся в Англию. В результате судебного разбирательства он был реабилитирован, но его активная карьера на этом завершилась. Он поселился с семьей в Лондоне.
Дважды его повышали в звании «за выслугу лет»: в 1812 году он стал контр-адмиралом,