• Состояние образца (заморожен, гемолизирован и т.д.)
3. Цели исследования
Изложение цели исследования должно включать по крайней мере три аспекта:
• наименование заболевания или маркеры, которые были протестированы (например, муковисцидоз)
• тип тестирования (например, подтверждение диагноза, определение статуса носительства, пренатальная диагностика и т.д.)
• причина назначения тестирования (например, семейная история муковисцидоза)
4. Спецификация генетического тестирования
• названия использованных методов исследования
• список протестированных мутаций, ДНК-маркеров, при секвенировании – исследованные регионы гена, референсная последовательность
• если использован коммерческий набор, его название и версия
• чувствительность метода в популяции, из которой происходит обследуемый индивид, если это возможно
5. Результат
Результат должен быть ясно представлен в однозначной форме. Если проведено несколько исследований, каждый результат следует представлять отдельно. Не следует использовать термины «положительный» и «отрицательный», так как они могут быть истолкованы неоднозначно.
Для обозначения выявленных генетических вариантов следует использовать номенклатуру и референсную последовательность, рекомендуемую HGVS (Human Genome Variation Society). Поскольку номенклатура и рекомендуемая референсная последовательность со временем меняются, необходимо использовать также традиционные обозначения мутаций, в скобках указывая их.
Если выявлено более одного патогенного генетического варианта, следует указывать фазу сцепления (если она известна).
6. Интерпретация результата
Согласно рекомендациям Комитета по контролю качества ESHGQ [53], лабораторное заключение должно содержать информацию, которая позволила бы врачам-генетикам осуществить клиническую интерпретацию результата исследования с использованием литературных ресурсов (например, описан ли обнаруженный миссенс-вариант в базах данных, к какому классу относится, известно ли его клиническое значение; в случае необходимости можно рекомендовать проведение генеалогического/семейного исследования).
1. http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr
2. Castellani C., Cuppens H., Macek M., Jr., et al. Consensus on the use and interpretation of cystic fibrosis mutation analysis in clinical practice. J. Cyst. Fibros. 2008 May; 7 (3): 179-196.
3. Pettit R.S. Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator–Modifying Medications. Ann Pharmacother. 2012 Jul-Aug; 46 (7-8): 1065-1075.
4. Zielenski, J. Genotype and phenotype in cystic fibrosis. Respiration. 2000; 67 (2): 117-133.
5. Mishra A., Greaves R., Massie J.. The relevance of sweat testing for the diagnosis of cystic fibrosis in the genomic era. Clin. Biochem. Rev. 2005 Nov; 26 (4): 135-153.
6. Pettit R.S., Fellner C. CFTR Modulators for the Treatment of Cystic Fibrosis. P&T®. 2014 Jul; 39 (7): 500-511.
7. Griesenbach U., Alton E.W. Recent advances in understanding and managing cystic fibrosis transmembrane conductance regulator dysfunction. F1000 Prime Rep. 2015 May 27; 7: 64. (http://f1000.com/prime/ reports/m/7/64).
8. Marson F.A., Bertuzzo C.S., Ribeiro J.D. Classification of CFTR mutation classes Lancet Respir Med. 2016 Aug; 4 (8): e37-8.
9. De Boek K., Amaral M.D. Progress in therapies for cystic fibrosis lancet Respir Med. 2016 Aug; 4 (8): 662-74.
10. Borowitz D., Durie P.R., Clarke L.L., et al. Gastrointestinal outcomes and confounders in cystic fibrosis. J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 2005 Sep; 41 (3): 273-285.
11. Ahmed N., Corey M., Forstner G. et al. Molecular consequences of cystic fibrosis transmembrane regulator (CFTR) gene mutations in the exocrine pancreas. Gut. 2003 Aug; 52 (8): 1159-1164.
12. Koch C., Cuppens H., Rainisio M., et al. European Epidemiologic Registry of Cystic Fibrosis (ERCF): comparison of major disease manifestations between patients with different classes of mutations. Pediatr Pulmonol. 2001 Jan; 31 (1): 1-12.
13. Koch C. Early Infection and Progression