В 1780 году Прохор тяжко заболел, и все тело его распухло. Ни один врач не мог определить вида его болезни, но предполагали, что это сделалась водяная болезнь. Недуг длился в продолжение трех лет, из которых не менее половины Прохор провел в постели. Строитель о. Пахомий и старец о. Исайя попеременно ходили за ним и почти неотлучно находились при нем. Тут-то и открылось, как все, и прежде других начальники, уважали, любили и жалели Прохора, бывшего тогда еще простым послушником. Наконец стали опасаться за жизнь больного, и о. Пахомий настоятельно предлагал пригласить врача или, по крайней мере, открыть кровь. Тогда смиренный Прохор позволил себе сказать игумену: «Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу, и Пречистой Его Матери, если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством – причастием Св. Тайн». Старец Иосиф по просьбе Прохора и собственному усердию особо отслужил о здравии больного всенощное бдение и литургию. Прохор был исповедан и причащен. В скором времени он выздоровел, что весьма удивило всех. Никто не понимал, как мог он столь скоро оправиться, и только впоследствии о. Серафим открыл тайну некоторым, и в том числе любимой сестре Дивеевской общины, церковнице Ксении Васильевне (монахине Капитолине). После причащения Св. Тайн ему явилась Пресвятая Дева Мария, в несказанном свете, с апостолами Иоанном Богословом и Петром, и, обратясь к Иоанну лицом и указывая перстом на Прохора, Владычица сказала: «Этот от нашего рода!» «Правую-то ручку, радость моя, – говорил о. Серафим церковнице Ксении, – положила мне на голову, а в левой-то ручке держала жезл, и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то, и сделалось углубление, матушка, вода-то вся в него и вытекла, и спасла Царица Небесная убогого Серафима; а рана пребольшая была, и до сих пор яма-то цела, матушка, погляди-ка, дай ручку!» «И батюшка сам, бывало, возьмет да и вложит мою руку в яму, – прибавляла матушка Ксения, ныне Капитолина, – и велика же она была у него, так вот весь кулак и взойдет!» Много душевной пользы принесла Прохору эта болезнь: Дух его окреп в вере, любви и надежде на Бога.
В период послушничества Прохора, при настоятеле о. Пахомии, предприняты были в Саровской пустыни многие нужные постройки. В числе их на месте кельи, в которой болел Прохор, строилась больница для лечения недужных и успокоения престарелых и при больнице церковь о двух этажах с